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- PDB-8ikv: pUbl depleted phospho-Parkin(K211N,R163D) in complex with pUb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ikv
タイトルpUbl depleted phospho-Parkin(K211N,R163D) in complex with pUb
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase parkin
  • Ubiquitin
キーワードLIGASE / E3 Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of exosomal secretion ...: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / negative regulation of exosomal secretion / negative regulation of glucokinase activity / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / type 2 mitophagy / Lewy body / negative regulation of actin filament bundle assembly / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of mitochondrial fusion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of protein linear polyubiquitination / host-mediated suppression of viral genome replication / positive regulation of mitophagy / RBR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of synaptic vesicle transport / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of necroptotic process / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / dopaminergic synapse / positive regulation of dendrite extension / protein K6-linked ubiquitination / positive regulation of protein localization to membrane / autophagy of mitochondrion / norepinephrine metabolic process / cellular response to toxic substance / positive regulation of type 2 mitophagy / protein localization to mitochondrion / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to dopamine / negative regulation of JNK cascade / mitochondrial fission / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / aggresome assembly / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of mitochondrion organization / regulation of canonical Wnt signaling pathway / aggresome / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of dopamine secretion / startle response / dopamine metabolic process / phospholipase binding / regulation of synaptic vesicle endocytosis / cullin family protein binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / regulation of glucose metabolic process / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein K63-linked ubiquitination / Viral mRNA Translation / protein deubiquitination / protein monoubiquitination / regulation of protein ubiquitination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / cellular response to manganese ion / ubiquitin ligase complex / cellular response to unfolded protein / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / negative regulation of insulin secretion / proteasomal protein catabolic process / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mitophagy / protein autoubiquitination / ERAD pathway / heat shock protein binding / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / cytosolic ribosome / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lenka, D.R. / Kumar, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)Innovative Young Biotechnology Award (DBT/12/IYBAl2019/03) and Ramalingaswami Fellowship (DBT/RLF/Re-entry/42/2019) インド
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Additional feedforward mechanism of Parkin activation via binding of phospho-UBL and RING0 in trans.
著者: Lenka, D.R. / Dahe, S.V. / Antico, O. / Sahoo, P. / Prescott, A.R. / Muqit, M.M.K. / Kumar, A.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Additional feedforward mechanism of Parkin activation via binding of phospho-UBL and RING0 in trans
著者: Lenka, D. / Dahe, S. / Antico, O. / Sahoo, P. / Prescott, A.R. / Muqit, M.M.K. / Kumar, A.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Ubiquitin
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,58623
ポリマ－90,2214
非ポリマー1,36519
水4,648258
1
C: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
D: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,84612
ポリマ－45,1102
非ポリマー73610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
2
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,74011
ポリマ－45,1102
非ポリマー6299
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.450, 76.426, 114.329
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.485, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson ...Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson disease protein 2


分子量: 36510.609 Da / 分子数: 2 / 変異: R140P,R163D,K211N,Q347C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKN, PARK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60260, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8599.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA52, UBCEP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62987
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Potassium bromide, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→38.39 Å / Num. obs: 31088 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 3040 / CC1/2: 0.686

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CAW

5caw


解像度: 2.35→38.242 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 8.048 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.585 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 1512 4.866 %
Rwork0.1981 29561 -
all0.199 --
obs-29561 96.318 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.223 Å2-0 Å2-0.211 Å2
2--1.811 Å20 Å2
3----2.766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.242 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6029 0 37 258 6324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0126189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8361.6448377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3195766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74522.209335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.574151033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5461544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.22637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.24135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1650.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2430.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1430.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.84.43079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1896.5913837
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9314.513110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2436.684539
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.4258.6059089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.4110.2461250.2562215X-RAY DIFFRACTION96.7742
2.411-2.4770.2831010.2652088X-RAY DIFFRACTION95.4645
2.477-2.5490.312950.2511781X-RAY DIFFRACTION82.9721
2.549-2.6270.252920.2331691X-RAY DIFFRACTION82.8532
2.627-2.7130.2391000.2281919X-RAY DIFFRACTION95.8234
2.713-2.8090.26780.2291988X-RAY DIFFRACTION99.5183
2.809-2.9150.2411000.2171830X-RAY DIFFRACTION99.6901
2.915-3.0330.269940.2121834X-RAY DIFFRACTION99.177
3.033-3.1680.234880.2051710X-RAY DIFFRACTION99.4469
3.168-3.3230.206720.1981674X-RAY DIFFRACTION99.4872
3.323-3.5020.208760.1861584X-RAY DIFFRACTION99.2823
3.502-3.7150.19740.171495X-RAY DIFFRACTION99.3667
3.715-3.9710.171650.1781385X-RAY DIFFRACTION99.2471
3.971-4.2880.236710.1831300X-RAY DIFFRACTION98.6331
4.288-4.6970.174390.171230X-RAY DIFFRACTION99.1406
4.697-5.250.195850.1621057X-RAY DIFFRACTION98.8745
5.25-6.060.206610.21959X-RAY DIFFRACTION99.6094
6.06-7.4170.188430.203827X-RAY DIFFRACTION99.0888
7.417-10.4660.202370.19635X-RAY DIFFRACTION99.4083

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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