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- PDB-8ikt: Ternary trans-complex of phospho-parkin with cis ACT and pUb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ikt
タイトルTernary trans-complex of phospho-parkin with cis ACT and pUb
要素
  • (E3 ubiquitin-protein ligase ...) x 2
  • Ubiquitin
キーワードLIGASE / E3 Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / cellular response to L-glutamine ...: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / cellular response to L-glutamine / negative regulation of exosomal secretion / negative regulation of glucokinase activity / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / type 2 mitophagy / response to curcumin / cellular response to hydrogen sulfide / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of mitochondrial fusion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Lewy body / positive regulation of protein linear polyubiquitination / negative regulation of actin filament bundle assembly / host-mediated suppression of viral genome replication / RBR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of synaptic vesicle transport / positive regulation of mitophagy / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of necroptotic process / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / mitochondrion localization / positive regulation of dendrite extension / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / protein K6-linked ubiquitination / dopaminergic synapse / norepinephrine metabolic process / autophagy of mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / protein localization to mitochondrion / response to insecticide / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to dopamine / positive regulation of protein localization to membrane / cellular response to toxic substance / mitochondrial fission / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aggresome assembly / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to L-glutamate / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of mitochondrion organization / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of JNK cascade / aggresome / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to corticosterone / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / response to muscle activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of dopamine secretion / startle response / dopamine metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / cullin family protein binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / regulation of glucose metabolic process / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein K63-linked ubiquitination / protein deubiquitination / Viral mRNA Translation / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of protein ubiquitination / Maturation of protein E / protein monoubiquitination / Maturation of protein E / negative regulation of mitochondrial fission / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / cellular response to unfolded protein / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / ubiquitin ligase complex / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINOPROPANE / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lenka, D.R. / Kumar, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)Innovative Young Biotechnology Award (DBT/12/IYBAl2019/03) and Ramalingaswami Fellowship (DBT/RLF/Re-entry/42/2019) インド
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Additional feedforward mechanism of Parkin activation via binding of phospho-UBL and RING0 in trans.
著者: Lenka, D.R. / Dahe, S.V. / Antico, O. / Sahoo, P. / Prescott, A.R. / Muqit, M.M.K. / Kumar, A.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Additional feedforward mechanism of Parkin activation via binding of phospho-UBL and RING0 in trans
著者: Lenka, D. / Dahe, S. / Antico, O. / Sahoo, P. / Prescott, A.R. / Muqit, M.M.K. / Kumar, A.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn / Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Ubiquitin
C: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,31313
ポリマ－51,5593
非ポリマー75410
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.764, 82.764, 103.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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E3 ubiquitin-protein ligase ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson ...Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson disease protein 2


分子量: 34043.469 Da / 分子数: 1 / 変異: Q347C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LTRVDL corresponds to the 102 to 107 region of the protein. The mismatch in the alignment is due to the missing electron density of the region in between.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKN, PARK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60260, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#3: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson ...Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson disease protein 2


分子量: 8916.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKN, PARK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60260, RBR-type E3 ubiquitin transferase

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8599.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA52, UBCEP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62987

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非ポリマー , 5種, 62分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-3CN / 3-AMINOPROPANE / プロピルアミン


分子量: 59.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 M Sodium nitrate, 0.3 Sodium phosphate dibasic, 0.3 M Ammonium sulfate, Imidazole, MES monohydrate (acid), 25% v/v MPD, 25% PEG 1000, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.42 Å / Num. obs: 13050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 1558 / CC1/2: 0.791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8IKM

8ikm


解像度: 2.6→38.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 32.393 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.313 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 691 5.306 %
Rwork0.2125 12333 -
all0.214 --
obs-12333 99.87 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 63.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.814 Å2-0.907 Å2-0 Å2
2---1.814 Å2-0 Å2
3---5.883 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 30 52 3059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0123117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8441.6564223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8875395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85722.581155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.86315508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9931519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1880.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1590.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8366.4431552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9459.6471935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8416.4791563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7299.6542279
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.68788.0214720
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.23733115
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6680.307550.302888X-RAY DIFFRACTION100
2.668-2.7410.335470.286875X-RAY DIFFRACTION100
2.741-2.820.307670.266831X-RAY DIFFRACTION100
2.907-3.0020.306520.244825X-RAY DIFFRACTION100
3.002-3.1070.275380.256772X-RAY DIFFRACTION100
3.107-3.2250.258490.234741X-RAY DIFFRACTION100
3.225-3.3560.296510.245714X-RAY DIFFRACTION100
3.356-3.5050.27480.212680X-RAY DIFFRACTION100
3.505-3.6760.249300.197692X-RAY DIFFRACTION100
4.109-4.3930.199320.181569X-RAY DIFFRACTION99.0115
4.744-5.1950.224240.178499X-RAY DIFFRACTION100
5.195-5.8070.236210.213444X-RAY DIFFRACTION99.7854
5.807-6.7020.27240.205410X-RAY DIFFRACTION100
6.702-8.1990.219170.175345X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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