PDB-8ijp: Structure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ijp

タイトル

Structure of DNA binding domain of McrBC endonuclease bound to DNA: L68Y mutant

要素

DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')
DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')
Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / McrB-NTD / 5-methylcytosine / restriction endonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

restriction endodeoxyribonuclease activity / endonuclease complex / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / DNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA restriction-modification system / endonuclease activity / GTPase activity / GTP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)
DNA molecule (その他)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Adhav, V.A. / Saikrishnan, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of target recognition by the DNA binding domain of McrBC
著者: Adhav, V.A. / Saikrishnan, K.

履歴

登録	2023年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ijp.cif.gz	240.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ijp.ent.gz	159 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ijp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ijp_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ijp_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	8ijp_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	8ijp_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/8ijp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/8ijp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ijoC 8ik4C 8ik8C 8ikdC 3sseS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit

B: Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit

C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

47.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.069, 68.910, 143.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Type IV methyl-directed restriction enzyme EcoKMcrB subunit / EcoKMcrBC / 5-methylcytosine-specific restriction enzyme B 分子量: 19709.938 Da / 分子数: 2 / 変異: L68Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mcrB, rglB, b4346, JW5871 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P15005, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPAPGPAPCPCPGPGPTPAPGPC)-3') 分子量: 4016.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPTPAPCPCPGPGPTPCPTPC)-3') 分子量: 3927.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (その他)
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.81 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1-0.2 M Bis-Tris pH 5.5 and 12-24% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→68.91 Å / Num. obs: 53142 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.39 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2591 / CC_1/2: 0.916 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SSE

3sse

解像度: 1.55→62.15 Å / SU ML: 0.1618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.6861
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1924	5293	9.98 %
R_work	0.1581	47753	-
obs	0.1615	53046	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→62.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2510	486	28	318	3342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0126	3765
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2518	5317
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0751	555
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	516
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.4312	843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3138	182	0.2596	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.57-1.59	0.2893	164	0.2479	1539	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.59-1.61	0.2842	146	0.2348	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2493	173	0.224	1565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2649	190	0.2105	1574	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.65-1.67	0.2367	181	0.1991	1530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2447	165	0.2039	1593	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.69-1.72	0.2462	192	0.2166	1583	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.72-1.75	0.2595	158	0.2017	1545	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.75-1.77	0.2253	173	0.1974	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2171	173	0.1752	1617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.1987	195	0.1652	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.1983	159	0.161	1603	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.87-1.91	0.2149	179	0.1654	1580	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.91-1.95	0.1994	180	0.1662	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.1988	174	0.1664	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.1998	185	0.1691	1550	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.05-2.1	0.1961	175	0.1785	1598	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.1-2.17	0.2137	195	0.1615	1563	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.17-2.24	0.1958	163	0.1505	1595	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.24-2.32	0.1822	171	0.1508	1592	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.32-2.41	0.1986	183	0.1471	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2203	169	0.153	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.1808	173	0.1529	1610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.1682	182	0.1556	1599	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.82-3.03	0.1864	169	0.1512	1638	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.03-3.34	0.1983	185	0.1543	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1535	182	0.1296	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1443	167	0.1248	1682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.82-62.15	0.2021	210	0.1718	1725	X-RAY DIFFRACTION	98.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.88943039843	-0.756651942375	-0.229605094559	3.9125292558	-0.727109623794	7.55541725364	-0.0886927618253	0.0578076644752	0.198513914628	0.0236140488594	0.0337770744786	-0.139696957831	-0.332173131072	0.432083349097	0.0473829264523	0.123832995189	-0.0737713930123	-0.0036934440205	0.171279003366	-0.01100613969	0.18032613078	26.5029673066	4.3798554885	23.0305032808
2	2.44975998571	-0.238173931509	0.282845656224	1.91503038617	-0.214041155969	3.29686490462	-0.0379610141357	0.075666819453	-0.0710229577863	-0.000465851731364	0.051919159443	-0.0333860525341	0.0857903690361	0.0381817859705	-0.0151396554383	0.143747904336	-0.00509103659329	-0.00407123622805	0.108926625115	0.00994343401244	0.132467965922	17.3061472693	-3.23984891462	22.2573800467
3	3.62220416832	-0.251308558595	-0.401776392125	1.78531050793	0.791804906771	3.85848864311	-0.0419937811371	-0.0715444949334	-0.313147974693	0.0387798672736	-0.00300048751569	0.241527058623	0.36522061516	-0.341382079039	-0.0233015453943	0.181780678308	-0.0434619677266	0.0130695774269	0.172723707156	0.0372691977089	0.204730228497	4.89048990844	-5.13264587021	25.5229827494
4	8.74824127003	6.31718647313	4.96201514145	4.64299863767	4.39013288437	7.70727908659	0.145697397801	-0.578279942045	-0.0828949343651	0.722355972238	-0.145584889067	-0.291712333283	-0.0744729598656	-0.278412537266	0.0196752476833	0.197401634108	0.0510421926356	-0.00407935065016	0.209728904866	0.000303662976074	0.179010264245	13.2473857408	4.88394453885	33.4497156566
5	4.39618585166	3.24520007827	0.775331102138	6.58153065818	0.282578979247	2.72743249593	0.155267861039	-0.0189975555993	-0.270833510073	0.260082159141	-0.0316933886925	-0.223851826888	0.51042799354	0.00723760612988	-0.075980316415	0.214990543338	0.0463159882798	-0.00792719352464	0.152868610691	0.0472140206155	0.163275010421	17.4116591185	-11.7944375187	32.2612252119
6	8.44633262241	4.27109650987	5.5856033575	7.8820075044	4.13940609433	8.90020644847	-0.169698233735	0.615287213264	0.410447435026	-0.362702346217	0.0364488410936	0.287259683273	-0.249036673367	-0.42542366045	0.144243174879	0.14717826174	0.0506536027962	0.0217179154709	0.311584850833	0.0439579440609	0.194046443092	1.53787225871	8.55639780471	-19.2333598381
7	5.08248303682	0.223553101018	1.23920209508	7.61917852992	5.35250580185	6.59109711409	0.0381201229815	-0.107401154467	-0.211371546106	-0.101203824193	-0.087170170716	0.06660279287	0.091371928719	-0.631558225906	0.0750047625992	0.188647988729	-0.0282545569862	0.00817440736962	0.267432706372	0.0605134228326	0.167965067573	1.90542977779	0.527138525887	-14.6811098866
8	2.79355122402	0.289042021509	0.388681417958	2.19728663883	0.524458893669	4.28819977707	0.0139898435853	-0.123223542226	-0.164384955269	-0.00638427759474	0.000338408554374	-0.0505822651205	0.0613835204769	0.012397884644	0.00708383236133	0.113290402177	0.00860070846887	-0.00952681365412	0.112859938024	0.020284574832	0.11318859224	12.6945838252	2.02430213164	-14.8823169237
9	0.953604775256	-1.6928870356	1.42362974469	7.11880424676	-2.80408267273	4.19926013243	0.185624748124	-0.0892093109976	-0.615943673244	0.0091935432294	0.0226133808724	-0.421144854849	1.23069611058	0.62555493596	-0.108746556064	0.370665464258	0.0791061781395	-0.00146353605476	0.236321233514	0.0504371551687	0.437309751	19.4232622038	-9.65397270512	-15.1207476879
10	4.66703221481	-0.293762269795	-4.66455003161	5.59856077232	-4.1291582729	8.16406455081	-0.263312904415	1.35154158579	-0.737972531735	-1.18818015299	0.524602892618	-0.412420824353	0.778551630355	0.494990409598	-0.150637571381	0.356106247908	0.0796309805342	0.0448994014663	0.437624725321	-0.133700239624	0.29910480832	24.1965224766	-3.63538394447	-29.4504016988
11	9.46067925563	5.67264511828	-4.17905423774	8.63051784227	-4.07901929795	6.09722189764	0.102332679008	0.00351868590715	0.422870117098	0.148272595483	-0.132783912014	0.00141983440677	-0.159651390672	0.452826616185	0.00910488122438	0.132425995224	0.0110549008436	-0.00118944902287	0.23813196332	0.0178302354831	0.223630866655	24.667956449	6.89613993904	-16.9704448961
12	8.69643460183	-3.63248526102	-0.85633867455	2.6335719644	2.88922067774	7.30024038993	0.0596139320747	0.580886739827	0.500455088512	-0.534385348544	-0.0567706352933	-0.301366755635	-0.580616636439	0.111180674142	0.0405336382562	0.24408547782	-0.0323187305408	0.00472809698683	0.2218088873	0.0559966215564	0.204598747379	14.8239502344	11.0251054566	-25.1024667333
13	8.67060760405	-5.10864387072	1.0324151199	3.14663929046	-1.10267332606	4.99299684293	0.279031241823	0.615469418929	-0.328376988192	-0.724532602612	-0.276401934459	0.00830499525254	0.375215152409	0.185100693832	0.00920407200508	0.238850437702	-0.046836087671	0.0297221850351	0.300043739704	-0.0960475636914	0.173070780545	9.92424328061	-2.0360658339	-28.9686250359
14	1.95729494097	1.3775243632	0.702441715621	2.11280210914	-0.572009737766	2.91633722755	-0.4315862572	1.20175411885	0.0131458839796	-0.933215190525	0.722214146691	-0.0111774479117	0.499986103543	0.141249632208	-0.00403840129696	0.438866692118	-0.185178570669	0.00395530855995	0.409725371453	-0.00359953492702	0.217634889403	14.0222098299	-2.0210681227	3.21110663439
15	1.10697680098	-0.195445006494	0.626419784043	2.73430997197	0.0526952189335	3.21562282584	-0.195697548888	-0.826918765692	-0.191579886024	0.476419635338	0.0871033782899	-0.0308553407152	0.336548177414	-0.154782942941	-0.016580562414	0.26162801376	0.0671404744068	0.0190135644647	0.31239660051	0.087011210375	0.154789064199	14.0595883394	-1.94817906299	3.22796743925

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 27 )	A	A	2 - 27	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 28 through 82 )	A	A	28 - 82	27 - 81
3	3	chain 'A' and (resid 83 through 120 )	A	A	83 - 120	82 - 119
4	4	chain 'A' and (resid 121 through 133 )	A	A	121 - 133	120 - 132
5	5	chain 'A' and (resid 134 through 160 )	A	A	134 - 160	133 - 159
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 17 )	B	B	1 - 17	1 - 17
7	7	chain 'B' and (resid 18 through 38 )	B	B	18 - 38	18 - 38
8	8	chain 'B' and (resid 39 through 82 )	B	B	39 - 82	39 - 82
9	9	chain 'B' and (resid 83 through 92 )	B	B	83 - 92	83 - 92
10	10	chain 'B' and (resid 93 through 101 )	B	B	93 - 101	93 - 101
11	11	chain 'B' and (resid 102 through 120 )	B	B	102 - 120	102 - 120
12	12	chain 'B' and (resid 121 through 133 )	B	B	121 - 133	121 - 133
13	13	chain 'B' and (resid 134 through 152 )	B	B	134 - 152	134 - 152
14	14	chain 'C' and (resid 2 through 13 )	C	C	2 - 13
15	15	chain 'D' and (resid 2 through 13 )	D	D	2 - 13

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)