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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iir | |||||||||
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タイトル | MsmUdgX H109S/Q53A double mutant | |||||||||
![]() | Type-4 uracil-DNA glycosylase | |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / UdgX / H109S / Q53A / mutant / protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() uracil DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Aroli, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mutational and structural analyses of UdgX: insights into the active site pocket architecture and its evolution. 著者: Aroli, S. / Woo, E.J. / Gopal, B. / Varshney, U. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iieC ![]() 8iifC ![]() 8iigC ![]() 8iihC ![]() 8iiiC ![]() 8iijC ![]() 8iilC ![]() 8iimC ![]() 8iinC ![]() 8iioC ![]() 8iipC ![]() 8iiqC ![]() 8iisC ![]() 8iitC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21707.656 Da / 分子数: 1 / 変異: Q53A,H109S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0265 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 2.0M Ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1M BIS-TRIS propane pH7.0 PH範囲: 6.8-7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年3月22日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→53.23 Å / Num. obs: 9050 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.37 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 925 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.436 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→53.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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