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- PDB-8iic: Crystal structure of Israeli acute paralysis virus RNA-dependent ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iic
タイトルCrystal structure of Israeli acute paralysis virus RNA-dependent RNA polymerase delta40 mutant (residues 41-546)
要素Polymerase polyprotein
キーワードTRANSFERASE / RNA-dependent RNA Polymerase
生物種Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Fang, X. / Lu, G. / Hou, C. / Gong, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0507200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31802147 中国
引用ジャーナル: Virol Sin / 年: 2023
タイトル: Unusual substructure conformations observed in crystal structures of a dicistrovirus RNA-dependent RNA polymerase suggest contribution of the N-terminal extension in proper folding.
著者: Fang, X. / Lu, G. / Deng, Y. / Yang, S. / Hou, C. / Gong, P.
履歴
登録2023年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase polyprotein
B: Polymerase polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5932
ポリマ－120,5932
非ポリマー00
水1086
1
A: Polymerase polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2971
ポリマ－60,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polymerase polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2971
ポリマ－60,2971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.926, 167.926, 218.321
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...
21(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPILEILE(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 5734 - 35
12ARGARGHISHIS(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA58 - 6336 - 41
13ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
14ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
15ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
16ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
17ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
18ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
19ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
110ASPASPMETMET(chain A and (resid 56 through 57 or (resid 58...AA56 - 54634 - 524
21ASPASPSERSER(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB56 - 6734 - 45
22LYSLYSTYRTYR(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB95 - 13373 - 111
23GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB134112
24THRTHRMETMET(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB55 - 54633 - 524
25THRTHRMETMET(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB55 - 54633 - 524
26THRTHRMETMET(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB55 - 54633 - 524
27THRTHRMETMET(chain B and (resid 56 through 67 or resid 95...BB55 - 54633 - 524

-
要素

#1: タンパク質 Polymerase polyprotein


分子量: 60296.715 Da / 分子数: 2 / 変異: N510D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB:MG599488.1
由来: (組換発現) Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→23.8 Å / Num. obs: 28880 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.885 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 295009
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.25-3.3710.50.84128580.9570.2660.8830.90899.5
3.37-3.510.20.51428410.9840.1650.5410.92999.6
3.5-3.6610.30.35728400.9880.1140.3750.95299.3
3.66-3.8510.60.24328330.9920.0770.2551.00999.2
3.85-4.0910.40.16128780.9950.0520.1690.99999.3
4.09-4.41100.11128590.9960.0370.1170.95898.8
4.41-4.8510.50.08628780.9970.0270.090.84498.9
4.85-5.549.90.06828930.9970.0230.0720.71798.7
5.54-6.9510.30.05229360.9980.0170.0540.73998.2
6.95-23.89.40.02830640.9990.0090.0290.78897.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8IIB

8iib


解像度: 3.25→23.78 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 1401 5.05 %
Rwork0.2113 26335 -
obs0.2131 27736 95.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.22 Å2 / Biso mean: 51.2462 Å2 / Biso min: 10.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→23.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6064 0 0 6 6070
Biso mean---33.38 -
残基数----808
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2284X-RAY DIFFRACTION9.53TORSIONAL
12B2284X-RAY DIFFRACTION9.53TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.25-3.370.29551000.26431830193067
3.37-3.50.34281460.26132506265293
3.5-3.660.28151460.24332680282699
3.66-3.850.2591360.22552701283799
3.85-4.090.25311390.20442737287699
4.09-4.410.23191510.18692703285499
4.41-4.850.20891570.17952724288199
4.85-5.540.23361370.19652751288899
5.54-6.950.25021340.23242804293898
6.95-23.780.21971550.19982899305497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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