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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ihn | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / HDAC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / protein localization to nucleolar rDNA repeats / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy ...Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / protein localization to nucleolar rDNA repeats / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / Rpd3L complex / Rpd3L-Expanded complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / NuRD complex / histone deacetylase / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / Sin3-type complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / Estrogen-dependent gene expression / histone deacetylase complex / positive regulation of macroautophagy / nuclear periphery / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / nucleosome assembly / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / cell cycle / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Gang, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2023 タイトル: Structural basis for nucleosome binding and catalysis by the yeast Rpd3S/HDAC holoenzyme. 著者: Yueyue Zhang / Mengxue Xu / Po Wang / Jiahui Zhou / Guangxian Wang / Shuailong Han / Gang Cai / Xuejuan Wang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ihn.cif.gz | 383.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ihn.ent.gz | 278 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ihn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ihn_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ihn_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ihn_validation.xml.gz | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ihn_validation.cif.gz | 89.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ihn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ihn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35450MC 8ihmC 8ihtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2563.012 Da / 分子数: 1 / 断片: N-ter / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: LOC121398065, LOC108703785, LOC121398067 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1 |
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-タンパク質 , 4種, 6分子 KLMONP
#2: タンパク質 | 分子量: 175047.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22579 | ||
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#3: タンパク質 | 分子量: 48961.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32561, histone deacetylase | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 78951.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BXB0 #5: タンパク質 | 分子量: 45266.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4F719 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#7: 化合物 | ChemComp-CA / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107252 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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