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- PDB-8ig0: Crystal structure of menin in complex with DS-1594b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ig0
タイトルCrystal structure of menin in complex with DS-1594b
要素Menin
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / leukemia / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell cycle / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to gamma radiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Suzuki, M. / Yoneyama, T. / Imai, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cancer Cell Int / 年: 2023
タイトル: A novel Menin-MLL1 inhibitor, DS-1594a, prevents the progression of acute leukemia with rearranged MLL1 or mutated NPM1.
著者: Numata, M. / Haginoya, N. / Shiroishi, M. / Hirata, T. / Sato-Otsubo, A. / Yoshikawa, K. / Takata, Y. / Nagase, R. / Kashimoto, Y. / Suzuki, M. / Schulte, N. / Polier, G. / Kurimoto, A. / ...著者: Numata, M. / Haginoya, N. / Shiroishi, M. / Hirata, T. / Sato-Otsubo, A. / Yoshikawa, K. / Takata, Y. / Nagase, R. / Kashimoto, Y. / Suzuki, M. / Schulte, N. / Polier, G. / Kurimoto, A. / Tomoe, Y. / Toyota, A. / Yoneyama, T. / Imai, E. / Watanabe, K. / Hamada, T. / Kanada, R. / Watanabe, J. / Kagoshima, Y. / Tokumaru, E. / Murata, K. / Baba, T. / Shinozaki, T. / Ohtsuka, M. / Goto, K. / Karibe, T. / Deguchi, T. / Gocho, Y. / Yoshida, M. / Tomizawa, D. / Kato, M. / Tsutsumi, S. / Kitagawa, M. / Abe, Y.
履歴
登録2023年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
B: Menin
C: Menin
D: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,03216
ポリマ－244,4214
非ポリマー2,61112
水2,558142
1
A: Menin
B: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5168
ポリマ－122,2112
非ポリマー1,3066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area40180 Å2
手法PISA
2
C: Menin
D: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5168
ポリマ－122,2112
非ポリマー1,3066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area40070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.576, 70.151, 144.426
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Menin


分子量: 61105.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct is a deletion mutant of menin isoform 2 (delta 460-519).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物
ChemComp-7IX / (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol


分子量: 574.618 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29F3N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1 M Na Cacodylate HCl, pH 6.4/ 1.5 M NaOAc/ 20 mM BaCl2. Complex crystal was prepared with soaking method.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月8日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.82 Å / Num. obs: 87588 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 289542 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.653.11.2731370543710.5470.8321.5260.298.8
14-49.822.90.02817696070.9910.020.03518.797.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSMarch 1, 2015データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.646 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2661 4393 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2147 83083 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 182.18 Å2 / Biso mean: 63.327 Å2 / Biso min: 6.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.98 Å20 Å20.51 Å2
2--7.72 Å20 Å2
3----3.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14717 0 180 142 15039
Biso mean--48.39 47.62 -
残基数----1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01215255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.64420815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24451932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.68321.963703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.042152237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6761583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211617
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 409 -
Rwork0.386 8010 -
all-8419 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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