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- PDB-8ifx: Aquifex aeolicus TsaD-TsaB in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ifx
タイトルAquifex aeolicus TsaD-TsaB in complex with ADP
要素
  • Gcp-like domain-containing protein
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / tRNA t6A-modifying enzyme / TsaD-TsaB complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / tRNA N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Gcp-like domain-containing protein / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lu, S.Z. / Zhang, W.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000847 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-function analysis of tRNA t 6 A-catalysis, assembly, and thermostability of Aquifex aeolicus TsaD 2 B 2 tetramer in complex with TsaE.
著者: Lu, S. / Jin, M. / Yu, Z. / Zhang, W.
履歴
登録2023年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: Gcp-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3087
ポリマ－60,5072
非ポリマー8015
水6,071337
1
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: Gcp-like domain-containing protein
ヘテロ分子

A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: Gcp-like domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,61714
ポリマ－121,0144
非ポリマー1,60310
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area11570 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area39420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.017, 98.017, 131.432
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-488-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 37433.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: tsaD, gcp, aq_801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O66986, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#2: タンパク質 Gcp-like domain-containing protein / TsaB


分子量: 23073.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: aq_082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66494

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非ポリマー , 4種, 342分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9 mg/ml TsaD-TsaB, 5 mM ATP, 5mM MgCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30 % PEG 300, 200 mM NaCl
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen gas flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日 / 詳細: CMF
放射モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→84.8 Å / Num. obs: 49871 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 27.16 Å2 / Rsym value: 0.175 / Net I/σ(I): 18.12
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 9538 / Rrim(I) all: 0.673 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrysalisPro1.1.11データ削減
Aimless1.12.15データスケーリング
Coot0.9.8.7モデル構築
MOLREP11.9.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30.64 Å / SU ML: 0.2535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.5336
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 2477 5.05 %RANDOM
Rwork0.2099 46621 --
obs0.212 49098 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4093 0 49 337 4479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97015749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3455585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.32561760.30972488X-RAY DIFFRACTION98.52
2.04-2.080.29661510.27582566X-RAY DIFFRACTION99.56
2.08-2.130.38181320.28832617X-RAY DIFFRACTION99.53
2.13-2.170.31521600.25842547X-RAY DIFFRACTION99.41
2.17-2.230.3361560.25432571X-RAY DIFFRACTION99.45
2.23-2.290.22921160.25392559X-RAY DIFFRACTION98.35
2.29-2.360.31560.24942581X-RAY DIFFRACTION99.13
2.36-2.430.29431100.24362583X-RAY DIFFRACTION98.18
2.43-2.520.31321210.23992548X-RAY DIFFRACTION97.69
2.52-2.620.25041490.23542582X-RAY DIFFRACTION97.82
2.62-2.740.28971280.23532561X-RAY DIFFRACTION97.82
2.74-2.880.26471210.22482555X-RAY DIFFRACTION96.96
2.88-3.060.30241600.24582534X-RAY DIFFRACTION97.01
3.06-3.30.26041070.20612599X-RAY DIFFRACTION97.8
3.3-3.630.25491270.19362658X-RAY DIFFRACTION99.46
3.63-4.160.18711190.16652633X-RAY DIFFRACTION98.67
4.16-5.230.18261450.15652648X-RAY DIFFRACTION98.66
5.23-30.640.21831430.18322791X-RAY DIFFRACTION98.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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