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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ifo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of estrogen related receptor-gamma DNA binding domain complexed with Pla2g12b promoter | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / nuclear receptor (核内受容体) / ERR3 / PLA2G12B / DR1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, T. / Zhen, X. / Liu, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023 タイトル: ERR gamma-DBD undergoes dimerization and conformational rearrangement upon binding to the downstream site of the DR1 element. 著者: Zhen, X. / Gan, Q. / Qu, L. / Dong, Y. / Pan, C. / Liu, J. / Wang, N. / Xu, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ifo.cif.gz | 149.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ifo.ent.gz | 112.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ifo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8ifo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8ifo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABF
#1: タンパク質 | 分子量: 12182.291 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG, ERR3, ERRG2, KIAA0832, NR3B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62508 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH
#2: DNA鎖 | 分子量: 5318.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: DNA鎖 | 分子量: 5095.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-非ポリマー , 3種, 97分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 6.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→53.62 Å / Num. obs: 30806 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 199080 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Num. measured all: 16364 / Num. unique obs: 2668 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.557 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 10.501 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.604 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→44.29 Å
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拘束条件 |
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