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- PDB-8idq: Crystal structure of reducing-end xylose-releasing exoxylanase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8idq
タイトルCrystal structure of reducing-end xylose-releasing exoxylanase in GH30 from Talaromyces cellulolyticus with xylose
要素Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
類似検索 - 構成要素
生物種Talaromyces pinophilus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Inoue, H. / Morita, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of reducing-end xylose-releasing exoxylanase in subfamily 7 of glycoside hydrolase family 30.
著者: Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Inoue, H. / Morita, T.
履歴
登録2023年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
B: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
C: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
D: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,36038
ポリマ－204,3064
非ポリマー16,05334
水29,2741625
1
A: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
C: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,83317
ポリマ－102,1532
非ポリマー7,68015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15990 Å2
ΔGint138 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
2
B: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
D: Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,52621
ポリマ－102,1532
非ポリマー8,37319
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17620 Å2
ΔGint163 kcal/mol
Surface area30800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.249, 120.159, 122.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A


分子量: 51076.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces pinophilus (菌類) / 遺伝子: TCE0_047r17950 / 発現宿主: Talaromyces pinophilus (菌類) / 参照: UniProt: A0A0B8MZ29

-
糖 , 8種, 24分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1_j2-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-i1_g2-h1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#10: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1635分子

#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.94 Å / Num. obs: 222295 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 13.71 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 22012 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.395

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMar 15, 2019データスケーリング
XDSMar 15, 2019データ削減
MOLREP11.6位相決定
PHENIX11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→45.35 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 11109 5 %0
Rwork0.199 ---
obs0.2007 222165 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13926 0 1066 1625 16617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7622660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.28983620.24696887X-RAY DIFFRACTION98
1.72-1.740.28083690.247000X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.760.25433690.22097022X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.780.2753670.21426968X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.25763700.20497030X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.830.25983700.20697016X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.25563670.2116975X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.890.23473700.20187039X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.910.25893690.20757005X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.25513690.2197014X-RAY DIFFRACTION99
1.95-1.980.25773690.217014X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.24313700.27013X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.050.24813680.18936994X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.23153700.1977036X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.140.24243700.19557024X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.24513700.19427037X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.250.24213710.19857037X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.21573710.19657053X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.23463710.19437063X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.450.22143740.19777093X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.540.2423700.20197035X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.640.22953730.19887080X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.760.23963730.20157098X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.910.23173710.1967036X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.090.23573730.2027093X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.330.22793740.1947120X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.660.18853740.18447103X-RAY DIFFRACTION99
3.66-4.190.21573730.18177091X-RAY DIFFRACTION98
4.19-5.280.19983700.17937052X-RAY DIFFRACTION97
5.28-45.350.25143720.22557028X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46290.0743-0.41210.4174-0.35021.32880.01360.05820.0441-0.04680.01570.0673-0.1132-0.2229-0.02030.08380.022-0.02690.10210.00640.108434.7575-19.991357.69
20.87910.4151-0.28790.5587-0.22030.4410.00360.06060.0911-0.06040.01060.0331-0.0654-0.0302-0.01430.1030.0137-0.02260.06430.00950.082349.9578-14.261751.1173
30.78720.50650.45481.7019-0.7641.3919-0.0172-0.06720.21040.11880.02580.3076-0.2779-0.3144-0.00810.12780.06150.01410.1360.00490.163227.2341-17.029672.8834
40.62850.5724-0.26361.2104-0.29360.611-0.0015-0.0784-0.09750.1076-0.0274-0.14780.01360.05680.02280.03820.028-0.03120.09010.01940.138967.667832.110711.5837
52.0150.7981-0.79280.7885-0.56260.8239-0.1254-0.0673-0.4002-0.1302-0.0535-0.29210.18150.11260.17860.1150.02750.00320.09740.01890.192761.74849.249316.2173
61.12730.0679-0.32770.82250.0820.69030.0078-0.0616-0.05150.0288-0.0273-0.08470.02990.06480.01990.07470.004-0.01070.0710.01780.069246.997316.551722.5102
71.05860.4045-0.95080.4114-0.66131.83940.0901-0.01210.17690.032-0.03090.0208-0.3073-0.0564-0.05620.10980.0196-0.01180.08250.00770.125953.108829.421516.1119
80.70420.53870.23510.7732-0.4141.071-0.02730.028-0.0963-0.03410.0007-0.08480.05380.05810.02130.06520.01380.00090.06210.01020.10164.701727.87446.069
90.6491-0.2733-0.5461.2859-0.70411.3739-0.0378-0.15670.0420.2155-0.0817-0.2903-0.11160.34230.08850.1025-0.0215-0.05420.15630.01780.15976.602240.793614.6976
100.71150.8606-0.10641.5279-0.39361.4887-0.0197-0.0413-0.08850.1087-0.0133-0.23320.03040.06810.0180.01120.0514-0.01420.09580.01340.123669.2681-28.688271.9766
113.16731.468-1.20661.5217-0.77350.9712-0.2001-0.1367-0.3853-0.1485-0.0464-0.28360.20680.14790.24480.12210.03490.01480.09780.02420.127964.0511-50.445977.8865
121.22470.2561-0.50150.5987-0.11310.9798-0.0072-0.05560.0230.0296-0.0049-0.0252-0.0224-0.00370.01190.06750.0094-0.01040.0566-0.00020.057350.5734-40.003982.0537
130.54240.346-0.13131.58410.15690.7235-0.0159-0.01370.0097-0.0069-0.0026-0.07150.01130.06150.01380.06490.0037-0.01720.08970.01830.081767.457-28.287470.0836
141.0634-0.3701-0.4611.4064-0.58911.5878-0.0531-0.23650.12220.2302-0.0228-0.3623-0.21650.35360.04830.1348-0.0434-0.06470.17320.0170.204780.1084-17.746273.9544
150.49760.3488-0.44250.5134-0.60090.9558-0.0170.09730.0466-0.03760.08280.0821-0.0114-0.1297-0.06470.07570.0054-0.0180.08630.01270.10137.944244.2667-10.6613
160.92340.4618-0.14770.794-0.14580.61950.0230.00510.06780.03640.0040.0162-0.0349-0.026-0.0260.06260.0096-0.01030.06260.00660.067553.892450.5246-8.6371
170.3603-0.0889-0.46361.0571-0.11050.8349-0.02450.0191-0.0183-0.00730.0240.06120.0317-0.05220.0030.0613-0.0082-0.01420.08510.02420.076537.656336.2049-0.6743
180.86580.53370.31291.4526-0.67521.4220.0227-0.07330.20540.21510.04480.2981-0.2615-0.2572-0.04830.12980.04510.04590.12850.0280.169726.000544.067612.5441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 365 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 366 through 462 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 17 through 60 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 61 through 127 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 128 through 256 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 257 through 300 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 301 through 365 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 366 through 462 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 17 through 60 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 61 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 128 through 300 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 301 through 390 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 391 through 462 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 17 through 127 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 128 through 300 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 301 through 365 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 366 through 462 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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