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Yorodumi- PDB-8idq: Crystal structure of reducing-end xylose-releasing exoxylanase in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8idq | ||||||
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Title | Crystal structure of reducing-end xylose-releasing exoxylanase in GH30 from Talaromyces cellulolyticus with xylose | ||||||
Components | Reducing-end xylose-releasing exoxylanase Xyn30A | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Talaromyces pinophilus (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Inoue, H. / Morita, T. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2023 Title: Crystal structure of reducing-end xylose-releasing exoxylanase in subfamily 7 of glycoside hydrolase family 30. Authors: Nakamichi, Y. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Inoue, H. / Morita, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8idq.cif.gz | 745.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8idq.ent.gz | 619.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8idq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8idq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8idq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8idpC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 51076.543 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Talaromyces pinophilus (fungus) / Gene: TCE0_047r17950 / Production host: Talaromyces pinophilus (fungus) / References: UniProt: A0A0B8MZ29 |
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-Sugars , 8 types, 24 molecules
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Type: oligosaccharide / Mass: 1721.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | ChemComp-NAG / #10: Sugar | ChemComp-XYP / |
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-Non-polymers , 3 types, 1635 molecules
#9: Chemical | ChemComp-GOL / #11: Chemical | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 22% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→45.94 Å / Num. obs: 222295 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 13.71 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rpim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 22012 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.395 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→45.35 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→45.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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