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- PDB-8id2: Crystal structure of the ubiquitin-like domain in the SF3A1 subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8id2
タイトルCrystal structure of the ubiquitin-like domain in the SF3A1 subunit of human U2 snRNP complexed with the stem-loop 4 of U1 snRNA
要素
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
  • Splicing factor 3A subunit 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Splicing / UNCG tetraloop / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex ...U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Ubiquitin family ...Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Splicing factor 3A subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Terawaki, S. / Nameki, N. / Kuwasako, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K06105 日本
Other privateThe Asahi Glass Foundation
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into recognition of SL4, the UUCG stem-loop, of human U1 snRNA by the ubiquitin-like domain, including the C-terminal tail in the SF3A1 subunit of U2 snRNP.
著者: Nameki, N. / Terawaki, S.I. / Takizawa, M. / Kitamura, M. / Muto, Y. / Kuwasako, K.
履歴
登録2023年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 3A subunit 1
B: Splicing factor 3A subunit 1
C: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3814
ポリマ－41,3814
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.455, 60.214, 103.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 703 through 788)
d_2ens_1(chain "B" and resid 703 through 788)
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLYGLYARGARGAA703 - 78827 - 112
d_2ens_1GLYGLYARGARGBB703 - 78827 - 112
d_1ens_2GGCCCC1 - 241 - 24
d_2ens_2GGCCDD1 - 241 - 24

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.891180639062, 0.0655653551588, 0.44888556756), (0.112745796536, -0.990465071859, -0.0791664499105), (0.439414899525, 0.121161568292, -0.8900755139)-19.388584282, 88.7669166291, 66.8653306952
2given(0.769411693052, -0.0115890542397, 0.638648056771), (-0.03896958464, -0.998824591121, 0.0288237340391), (0.637563344358, -0.0470651675106, -0.768958940346)-22.2806041786, 87.9627069168, 63.7175112549

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 13061.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3A1, SAP114 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15459
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*GP*AP*CP*UP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*GP*CP*UP*UP*UP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 7629.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MIB buffer (pH 5.0), 25% PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.39 Å / Num. obs: 32309 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 46.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 4.198 / Num. unique obs: 1809 / CC1/2: 0.458 / Rpim(I) all: 1.604 / Rrim(I) all: 4.362 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40.39 Å / SU ML: 0.302 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.5938
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 1997 6.23 %
Rwork0.1938 30043 -
obs0.1965 32040 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1434 1006 0 100 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00962578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25353708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0638462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.51641118
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.536634655388
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.09766182527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.851301942X-RAY DIFFRACTION91.08
1.85-1.90.40311400.37152106X-RAY DIFFRACTION99.16
1.9-1.950.37681400.33492123X-RAY DIFFRACTION99.52
1.95-2.010.35141420.31632121X-RAY DIFFRACTION99.69
2.01-2.090.35811420.27742143X-RAY DIFFRACTION99.52
2.09-2.170.31321410.26632117X-RAY DIFFRACTION99.82
2.17-2.270.30141410.24582155X-RAY DIFFRACTION99.87
2.27-2.390.32991440.252153X-RAY DIFFRACTION99.83
2.39-2.540.31421420.25452148X-RAY DIFFRACTION99.83
2.54-2.730.31211450.26122166X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.010.25341440.23952166X-RAY DIFFRACTION99.48
3.01-3.440.24451440.1952158X-RAY DIFFRACTION99.7
3.44-4.340.20411480.15562215X-RAY DIFFRACTION99.96
4.34-40.390.17781540.14562330X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.87174608627-2.086537290990.8552795491586.806913981073.695005154165.350685447920.5356502301860.2207584156910.449459520293-1.128234084-0.335208727469-0.780344445326-0.5797162021050.355645605319-0.2324886656030.6494207264010.03723386830030.1342286665980.5133599492520.1522121562630.5792858177953.7179315342383.297160900648.3793843307
27.977908416342.61112558014-0.3294665434812.0814624092-2.440076098539.455449404470.09256794142550.2707786916910.672160716704-0.4834727437760.2005883571640.914646483926-0.4139510599310.120965140367-0.306367623230.4355965704310.0481795378224-0.004786290014040.4204746090820.04318382524920.3699900690530.010554063166481.362366062552.0825446077
33.968213652841.78016735732-2.269663532242.64310554755-3.32436203474.16270010610.3914467258460.1599272477470.516503966510.1859600404610.213471664037-0.118421609407-0.416792360658-0.114300166483-0.6056365011470.6322028282470.0284131669153-0.003645011755310.4777833439490.001179728010650.7976578680495.1613898149537.730716578329.7786436663
44.48400189951.24619320597-2.044485576415.5681901455-3.872432625374.916540685870.138453821592-0.02889147042370.293531434497-0.06049681675410.00020122961143-0.0852312761403-0.0935539237363-0.135429454036-0.1559062492430.4157700647570.0138202734201-0.05082777133280.398672055305-0.05969292169290.46881168281811.454382419422.337774556131.7541012666
57.98060714165-6.272261207471.166225568624.96866833065-1.20121122691.88782411247-0.003841838368970.5907673085611.04403213469-0.0193598710342-0.199665155445-1.84189760113-0.0005086116738160.3181438311090.2843520497570.748762939594-0.08358902897840.07913665480250.482991859920.04288682581041.1665279871911.509057038743.432078564628.0611000787
65.783050890541.856901247611.115527779324.85228469373-1.325489985494.691485379790.0948666645338-0.3976913930150.725440639691-0.0561986214396-0.431650742-0.601724654026-0.379704592188-0.2601374397250.3137419357690.767687384719-0.0966632190471-0.06346562909750.449728209277-0.1298409244910.7197005707390.94180223631452.079997182342.1730937207
71.91953120052.698086841962.309217998458.564251047862.444526173432.888370456230.3593622913990.267173591021-0.5368673589790.756510504921-0.341953791313-0.5672097892590.5390674354520.00717896561378-0.05777982011210.7580281544810.11764037889-0.03587349872350.582763943655-0.189435553540.7753882051078.5428272653464.565814219351.1533037914
83.708480219072.806858721430.7951165154462.231596035221.027588629558.00560602803-0.1609127575650.4824295488640.03858751388650.543928603631-0.08682012194650.9695999163151.07583826409-0.715364820260.3567561648950.543309700154-0.04628310102330.1215176615180.52102247989-0.01773166558260.6548346823530.2219296520972.345251207340.5771290377
97.801087343376.29771828783.670032334746.626268048062.59708370355.121035849630.54425413173-0.339568181912-0.6976761142811.14760741772-0.0595157406747-1.980027728340.177504449390.0869474682089-0.4449002407450.7190307367580.0869047849158-0.1652034070190.464693102164-0.1862200290090.8288240610367.4598412981653.583452588946.0250398518
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 760 through 770 )BB760 - 77060 - 70
22chain 'B' and (resid 771 through 789 )BB771 - 78971 - 89
33chain 'C' and (resid 1 through 5 )CC1 - 5
44chain 'C' and (resid 6 through 20 )CC6 - 20
55chain 'C' and (resid 21 through 24 )CC21 - 24
66chain 'D' and (resid 1 through 5 )DD1 - 5
77chain 'D' and (resid 6 through 10 )DD6 - 10
88chain 'D' and (resid 11 through 15 )DD11 - 15
99chain 'D' and (resid 16 through 24 )DD16 - 24
1010chain 'A' and (resid 699 through 704 )AA699 - 7041 - 6
1111chain 'A' and (resid 705 through 725 )AA705 - 7257 - 27
1212chain 'A' and (resid 726 through 736 )AA726 - 73628 - 38
1313chain 'A' and (resid 737 through 748 )AA737 - 74839 - 50
1414chain 'A' and (resid 749 through 759 )AA749 - 75951 - 61
1515chain 'A' and (resid 760 through 785 )AA760 - 78562 - 87
1616chain 'A' and (resid 786 through 793 )AA786 - 79388 - 95
1717chain 'B' and (resid 701 through 710 )BB701 - 7101 - 10
1818chain 'B' and (resid 711 through 725 )BB711 - 72511 - 25
1919chain 'B' and (resid 726 through 736 )BB726 - 73626 - 36
2020chain 'B' and (resid 737 through 748 )BB737 - 74837 - 48
2121chain 'B' and (resid 749 through 759 )BB749 - 75949 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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