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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ibt | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of GH42 beta-galactosidase BiBga42A from Bifidobacterium longum subspecies infantis E318S mutant in complex with lacto-N-tetraose | |||||||||||||||||||||
要素 | Beta-galactosidase | |||||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycoside Hydrolase family 42 | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hidaka, M. / Fushinobu, S. / Gotoh, A. / Katayama, T. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 6件
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引用 | ジャーナル: Microbiome Res Rep / 年: 2023 タイトル: Substrate recognition mode of a glycoside hydrolase family 42 beta-galactosidase from Bifidobacterium longum subspecies infantis ( Bi Bga42A) revealed by crystallographic and mutational analyses. 著者: Gotoh, A. / Hidaka, M. / Sakurama, H. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Sakanaka, M. / Fushinobu, S. / Katayama, T. #1: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2012 タイトル: Bifidobacterium longum subsp. infantis uses two different beta-galactosidases for selectively degrading type-1 and type-2 human milk oligosaccharides. 著者: Yoshida, E. / Sakurama, H. / Kiyohara, M. / Nakajima, M. / Kitaoka, M. / Ashida, H. / Hirose, J. / Katayama, T. / Yamamoto, K. / Kumagai, H. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ibt.cif.gz | 296.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ibt.ent.gz | 236.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ibt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ibt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ibt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ibt_validation.xml.gz | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ibt_validation.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/8ibt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/8ibt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ibrC 8ibsC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78764.820 Da / 分子数: 2 / 変異: E318S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア) 株: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 / 遺伝子: Blon_2016 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): delta-LacZ / 参照: UniProt: B7GUD7, beta-galactosidase #2: 多糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 5 mM MES-NaOH buffer (pH 5.8), 0.1 M KSCN, 30% PEG MME 2000, 20% ethylene glycol, 50 mM lacto-N-tetraose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月27日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→48.04 Å / Num. obs: 121062 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 24.96 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.916 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5977 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.362 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.356 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.04 Å
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拘束条件 |
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