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万見
- PDB-8ibm: Sulfate bound form of PET-degrading cutinase Cut190 with thermost... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ibm
タイトルSulfate bound form of PET-degrading cutinase Cut190 with thermostability-improving mutations of S226P/R228S/Q138A/D250C-E296C/Q123H/N202H and S176A inactivation
要素Alpha/beta hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / PROTEIN ENGINEERING / POLYESTERASE / DISULFIDE BOND / METAL BINDING / Ligand complex
機能・相同性Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Cutinase
機能・相同性情報
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Emori, M. / Numoto, N. / Kamiya, N. / Oda, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Improvement of thermostability and activity of PET-degrading enzyme Cut190 towards a detailed understanding and application of the enzymatic reaction mechanism.
著者: Numoto, N. / Kamiya, N. / Oda, M.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase family protein
B: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0516
ポリマ－57,7792
非ポリマー2724
水1,09961
1
A: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0263
ポリマ－28,8901
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
2
B: Alpha/beta hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0263
ポリマ－28,8901
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.755, 83.755, 64.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase family protein / Cutinase


分子量: 28889.537 Da / 分子数: 2
変異: Q123H, Q138A, S176A, N202H, S226P, R228S, D250C, E296C
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (バクテリア)
遺伝子: Cut190, SAMN02982918_2340 / プラスミド: PQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3) / 参照: UniProt: W0TJ64, cutinase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 0.2 M Ammonium sulfate, and 30% (w/v) PEG MME 5,000

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37 Å / Num. obs: 25685 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 38.44 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4113 / CC1/2: 0.743 / Rsym value: 1.46 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→36.27 Å / SU ML: 0.3375 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.2895
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1270 4.96 %
Rwork0.2338 24322 -
obs0.2354 25592 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 12 61 4135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47765702
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.75951530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.290.36421270.36892677X-RAY DIFFRACTION98.21
2.29-2.390.35641360.31952706X-RAY DIFFRACTION98.58
2.39-2.520.32511490.27352692X-RAY DIFFRACTION98.96
2.52-2.680.30831420.2932667X-RAY DIFFRACTION99.5
2.68-2.880.33771420.27312753X-RAY DIFFRACTION99.59
2.88-3.170.2661340.25592701X-RAY DIFFRACTION99.75
3.17-3.630.28871460.23492724X-RAY DIFFRACTION99.79
3.63-4.570.23711360.19242701X-RAY DIFFRACTION98.95
4.58-36.270.21331580.19192701X-RAY DIFFRACTION99.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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