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- PDB-8ib1: Structure of the LAH31 Fab bound to an influenza virus HA epitope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ib1
タイトルStructure of the LAH31 Fab bound to an influenza virus HA epitope peptide
要素
  • Hemagglutinin HA2 chain
  • LAH31 Fab heavy chain
  • LAH31 Fab light chain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Antibody / Fab / Influenza / epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Suzuki, T. / Hashiguchi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)223fa627009h0001 日本
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for cross-group recognition of an influenza virus hemagglutinin antibody that targets postfusion stabilized epitope.
著者: Tonouchi, K. / Adachi, Y. / Suzuki, T. / Kuroda, D. / Nishiyama, A. / Yumoto, K. / Takeyama, H. / Suzuki, T. / Hashiguchi, T. / Takahashi, Y.
履歴
登録2023年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAH31 Fab light chain
B: LAH31 Fab heavy chain
C: Hemagglutinin HA2 chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8943
ポリマ－56,8943
非ポリマー00
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.050, 86.510, 89.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: 抗体 LAH31 Fab light chain


分子量: 26441.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LAH31 Fab heavy chain


分子量: 28766.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 1685.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q03909
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate, Ammonium acetate, PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.98 Å / Num. obs: 73864 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 25.79 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Num. unique obs: 5812 / CC1/2: 0.654

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WRP,5WL2

6wrp

5wl2


解像度: 1.95→45.98 Å / SU ML: 0.2208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 23.4506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 3722 5.04 %
Rwork0.185 70142 -
obs0.187 73864 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3373 0 0 304 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76294677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.41181245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.3688980.31081987X-RAY DIFFRACTION75.79
1.97-20.34841550.30092392X-RAY DIFFRACTION91.19
2-2.020.33061570.29932465X-RAY DIFFRACTION94.01
2.02-2.050.29031310.2842525X-RAY DIFFRACTION95.33
2.05-2.080.27471220.25322596X-RAY DIFFRACTION97.21
2.08-2.120.32631490.23572618X-RAY DIFFRACTION99.03
2.12-2.150.24581230.21682646X-RAY DIFFRACTION99.89
2.15-2.190.22691320.2082653X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.230.2491320.21352626X-RAY DIFFRACTION99.96
2.23-2.270.25991280.2082692X-RAY DIFFRACTION99.96
2.27-2.320.20761420.19832624X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.370.25781360.19542669X-RAY DIFFRACTION99.96
2.37-2.420.25191440.19922620X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.480.25211420.19892672X-RAY DIFFRACTION99.86
2.48-2.550.26131590.19762621X-RAY DIFFRACTION99.78
2.55-2.620.24661470.20132652X-RAY DIFFRACTION99.71
2.62-2.710.21821150.19272636X-RAY DIFFRACTION99.46
2.71-2.810.2211350.17942647X-RAY DIFFRACTION99.86
2.81-2.920.22171330.18612647X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.050.23751330.17482656X-RAY DIFFRACTION99.96
3.05-3.210.22791750.16842631X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.410.2011370.16492640X-RAY DIFFRACTION99.96
3.41-3.680.17211230.15182662X-RAY DIFFRACTION99.93
3.68-4.050.22321540.15562644X-RAY DIFFRACTION99.89
4.05-4.630.14391330.1442641X-RAY DIFFRACTION99.89
4.63-5.830.21331540.15962628X-RAY DIFFRACTION99.96
5.83-45.980.22461330.1952652X-RAY DIFFRACTION99.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.594817691850.6922828663780.6631989291113.015747347230.9157510956071.705653323240.2453160313360.0815362006645-0.5152369650520.241416640065-0.196400557763-0.1975483842810.145190278135-0.0646593031537-0.02001130742120.1320413367110.0190608422183-0.009224520325550.228819613685-0.04320126981510.46723499764135.845021791611.720626361846.3095180559
23.152103884970.8702841385810.8853755940920.724439129473-0.2518325879981.170135028110.0955741586510.249056812445-0.317280886899-0.0846950861659-0.0263189584581-0.2319221829510.03582333733610.0837471254881-0.07143477344470.1531904159610.00399145846757-0.02518203540480.145958458041-0.01811601688650.32154992424224.283702475410.068309564145.8121439998
34.457513592741.297268507490.6394200572763.32246909967-0.2790239973372.98659797260.04125604900150.2555961486470.4478507317330.07482646547240.0982094620439-0.0233609930433-0.254874254580.144186390279-0.04670437766690.1458213753070.01293022346770.01335274165760.191758133950.02147221952890.36931745447621.456681816520.127884784142.9944937267
43.414596414771.157286201820.1268931337071.15174112319-0.04297436692990.6356697260030.06490424750.119281245747-0.384665862091-0.1081452875550.0157973506278-0.1212886201490.0457766924876-0.00740663682098-0.09752701425070.1525675818160.0192541436680.001577438454430.14185410739-0.01112093158480.31779839830331.187683658914.521168107847.8359169594
52.468083120890.0336371565542-0.6679140274391.6956603371-0.7572584002055.957343129660.0474929191263-0.238314122121-0.06826492588410.27842031110.0938913203864-0.1870292802730.4186704361130.472493772148-0.04702810614020.2348381192130.0460496901609-0.05634108199710.22164154931-0.01192240064890.26604525414548.141367991222.516878906376.0052772642
61.73834848705-0.3541779755460.67839561781.62804327615-0.06271289465844.86410993365-0.0318251033473-0.06942272410780.03015122683630.3538049066630.15252386434-0.2348317246730.3762620433160.804660818824-0.09780179197970.2565306286360.092985530567-0.03567376360610.338727165029-0.05004268555480.29666859343151.484736752621.102923144174.8306079903
71.02552409231-0.4762789561870.8195203219731.00289308771-0.5599775047812.132975634580.0997538693068-0.0712795155316-0.2225802395540.1808176518590.0006059342402620.08755049140640.0602045828334-0.0735219438245-0.1219436428870.186311457105-0.0445611642854-0.02944613548030.164343394730.03833363813550.34670372461515.141132775.3281552630762.3720062824
81.18711772516-0.4386261263821.328310257192.65726151110.6185089671942.863186616320.186491734163-0.139157018007-0.08021738269420.5099796471140.0725019696843-0.1595148674340.2276637154358.80247505201E-5-0.224886559380.2523230155080.0076689553840.05723220074890.185230229448-0.0186710887050.24802104178234.145115625718.749436379779.0092675908
92.21743218545-0.3704201103190.3634867583411.341965418180.3083286811642.822596917470.0703291296412-0.02577528592740.2422613078140.0469706430035-0.08039905244040.1438271193890.256434378825-0.1222573183440.03041336666210.211911716052-0.02654179789590.01708439875190.161345689769-0.03361112719740.23343259998135.134341015223.469975008274.7737798963
104.135474553122.43894801374-0.3708584762868.850580264660.4694193158084.409831412850.247864051226-0.194478941750.6921957532070.905166395114-0.3681311425130.8566427523970.155161174783-0.4439213496330.07938195998150.257960444328-0.01947339365120.06153286708840.267372021965-0.09114850660770.31552662493230.987364322629.20019188581.6864848584
117.88550595959.13344317265-5.117785497692.00015627244-5.830075261443.82807055501-0.3688938933240.469033614026-0.190537435913-0.5241622832280.115451159209-0.9093351816030.3452797913990.1359751038150.1225243926580.307111082662-0.023898775798-0.1415964846670.24550010566-0.04365958361510.5785027888487.07299338873-1.6384639907445.4149715241
121.038041249572.40920225661-0.03665549194915.889506464411.210692444239.657151391530.09004213779770.143590499527-0.718321390021-0.120327984177-0.09573012131730.1997882100310.206026010507-0.793643383409-0.1156963654530.165121039532-0.0117508075279-0.0803076357420.2715500134220.03608871893640.4497392975435.02277530324.0686606161745.5893420257
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 26 through 43 )AA26 - 431 - 18
22chain 'A' and (resid 44 through 78 )AA44 - 7819 - 53
33chain 'A' and (resid 79 through 91 )AA79 - 9154 - 66
44chain 'A' and (resid 92 through 144 )AA92 - 14467 - 119
55chain 'A' and (resid 145 through 181 )AA145 - 181120 - 156
66chain 'A' and (resid 182 through 243 )AA182 - 243157 - 218
77chain 'B' and (resid 27 through 136 )BB27 - 1361 - 110
88chain 'B' and (resid 137 through 179 )BB137 - 179111 - 148
99chain 'B' and (resid 180 through 222 )BB180 - 222149 - 191
1010chain 'B' and (resid 223 through 247 )BB223 - 247192 - 216
1111chain 'C' and (resid 1 through 5 )CC1 - 51 - 5
1212chain 'C' and (resid 6 through 13 )CC6 - 136 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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