PDB-8iaa: SpnK Methyltransferase from the Spinosyn Biosynthetic Pathway in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8iaa

タイトル

SpnK Methyltransferase from the Spinosyn Biosynthetic Pathway in Complex with SAH

要素

Demethylmacrocin O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase

機能・相同性

Methyltransferase MycE, N-terminal / MycE methyltransferase N-terminal / antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / metal ion binding / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Demethylmacrocin O-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Huang, S. / Zheng, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structural and computational insights into the regioselectivity of SpnK involved in rhamnose methylation of spinosyn.
著者: Huang, S. / Ji, H. / Zheng, J.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8iaa.cif.gz	311.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8iaa.ent.gz	252.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8iaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8iaa_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8iaa_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8iaa_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	8iaa_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ia9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Demethylmacrocin O-methyltransferase

B: Demethylmacrocin O-methyltransferase

ヘテロ分子

87.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Demethylmacrocin O-methyltransferase

B: Demethylmacrocin O-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Demethylmacrocin O-methyltransferase

B: Demethylmacrocin O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.975, 133.975, 160.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-666- HOH
2	1	B-665- HOH

#1: タンパク質	Demethylmacrocin O-methyltransferase 分子量: 43512.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア) 遺伝子: spnK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALN2
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100 mM Sodium citrate, pH 6.3, 34% v/v PEG 200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 85935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 988878

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	11.9	0.898	4241	0.857	0.961	0.268	0.938	0.933	100
2.14-2.18	11.9	0.786	4206	0.876	0.966	0.235	0.821	0.953	100
2.18-2.22	11.7	0.737	4230	0.891	0.971	0.222	0.771	0.96	100
2.22-2.26	11.7	0.631	4257	0.904	0.974	0.19	0.659	0.967	100
2.26-2.31	11.6	0.538	4224	0.937	0.983	0.163	0.563	0.983	100
2.31-2.37	11.4	0.442	4277	0.948	0.987	0.135	0.462	1.006	100
2.37-2.42	11.1	0.364	4209	0.963	0.991	0.113	0.381	1.01	100
2.42-2.49	10.2	0.336	4263	0.964	0.991	0.11	0.354	1.018	100
2.49-2.56	11.8	0.282	4265	0.981	0.995	0.085	0.294	1.029	100
2.56-2.65	12	0.243	4270	0.982	0.996	0.073	0.254	1.032	100
2.65-2.74	11.9	0.197	4260	0.989	0.997	0.059	0.205	1.058	100
2.74-2.85	11.8	0.162	4262	0.992	0.998	0.049	0.17	1.057	100
2.85-2.98	11.7	0.142	4289	0.994	0.998	0.043	0.148	1.07	100
2.98-3.14	11.3	0.115	4288	0.995	0.999	0.036	0.12	1.089	100
3.14-3.33	10.8	0.087	4303	0.996	0.999	0.028	0.092	1.105	99.9
3.33-3.59	12.2	0.072	4313	0.998	0.999	0.022	0.076	1.077	100
3.59-3.95	12	0.061	4355	0.998	1	0.018	0.064	1.037	100
3.95-4.52	11.4	0.052	4362	0.999	1	0.016	0.054	0.969	100
4.52-5.7	11.2	0.047	4411	0.999	1	0.014	0.049	0.841	100
5.7-50	10.7	0.044	4650	0.999	1	0.014	0.046	0.762	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	v718	データスケーリング
HKL-2000	v718	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→49.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.724 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22781	4225	5 %	RANDOM
R_work	0.20131	-	-	-
obs	0.20263	80023	98.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.584 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.34 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→49.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5924	0	54	358	6336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.078	1.643	8344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.499	1.575	13148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.166	5	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.282	21.131	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.995	15	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.033	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.148	2.139	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.148	2.139	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.512	3.193	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.511	3.193	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.333	2.335	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.333	2.335	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.75	3.434	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.064	39.441	25664
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.043	39.361	25532
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	247	-
R_work	0.254	5232	-
obs	-	-	87.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3732	-0.2072	0.0864	0.4279	0.012	0.0376	0.0717	0.0042	0.1328	-0.158	-0.0857	-0.0724	-0.0026	-0.0258	0.0141	0.0746	0.016	0.0214	0.0486	0.0272	0.0879	31.8521	-17.4636	27.9399
2	0.4871	-0.2582	-0.12	0.452	0.0645	0.0393	0.0977	0.0178	-0.1806	-0.1576	-0.1156	0.0398	-0.035	0.0093	0.0179	0.0658	0.0228	0.0024	0.0542	-0.0201	0.1281	36.1803	-49.6433	27.4594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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