PDB-8ia9: SpnK Methyltransferase from the Spinosyn Biosynthetic Pathway in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ia9

タイトル

SpnK Methyltransferase from the Spinosyn Biosynthetic Pathway in Complex with Mg

要素

Demethylmacrocin O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase

機能・相同性

Methyltransferase MycE, N-terminal / MycE methyltransferase N-terminal / antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / metal ion binding / Demethylmacrocin O-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Huang, S. / Zheng, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structural and computational insights into the regioselectivity of SpnK involved in rhamnose methylation of spinosyn.
著者: Huang, S. / Ji, H. / Zheng, J.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ia9.cif.gz	304.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ia9.ent.gz	248.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ia9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8ia9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8ia9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8iaaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Demethylmacrocin O-methyltransferase

B: Demethylmacrocin O-methyltransferase

ヘテロ分子

87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Demethylmacrocin O-methyltransferase

B: Demethylmacrocin O-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Demethylmacrocin O-methyltransferase

B: Demethylmacrocin O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.114, 134.114, 159.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-573- HOH

#1: タンパク質	Demethylmacrocin O-methyltransferase 分子量: 43512.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア) 遺伝子: spnK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALN2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100 mM Sodium citrate, pH 6.3, 34% v/v PEG 200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 51119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Χ²: 0.038 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 645766

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	12.8	0.796	2505	1.002	1	100
2.54-2.59	12.7	0.698	2509	0.992	1	100
2.59-2.64	12.6	0.65	2514	0.994	1	100
2.64-2.69	12.5	0.534	2521	1.005	1	100
2.69-2.75	11.9	0.462	2507	1.01	1	100
2.75-2.82	11.1	0.399	2527	1.033	1	99.9
2.82-2.89	13	0.375	2516	1.025	1	100
2.89-2.96	13.2	0.331	2527	1.014	1	100
2.96-3.05	13.1	0.291	2518	1.037	1	100
3.05-3.15	13.1	0.228	2535	1.047	1	100
3.15-3.26	12.9	0.194	2549	1.044	1	100
3.26-3.39	12.9	0.164	2518	1.04	1	100
3.39-3.55	12.4	0.132	2554	1.028	1	100
3.55-3.73	11.5	0.109	2548	1.005	1	100
3.73-3.97	13.6	0.103	2560	0.997	1	100
3.97-4.27	13.5	0.091	2566	0.97	1	100
4.27-4.7	13.2	0.085	2588	0.956	1	100
4.7-5.38	12	0.083	2612	0.909	1	99.9
5.38-6.78	13.1	0.088	2635	0.965	1	100
6.78-50	11.6	0.081	2810	1.05	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000	v718-Linux	データ削減
HKL-2000	v718-Linux	データスケーリング
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→47.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 14.72 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24327	2606	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20783	-	-	-
obs	0.20964	47477	97.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.812 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5869	0	2	155	6026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	6006
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.641	8167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.175	1.574	12967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.97	5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.332	21.03	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.759	15	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.361	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	6889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.959	2.761	3024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.903	2.758	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.229	4.118	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.238	4.122	3774
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.291	3.023	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.291	3.026	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.005	4.428	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.656	49.877	24163
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.659	49.868	24112

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11351 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.562 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	154	-
R_work	0.245	2967	-
obs	-	-	84.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5291	0.3545	0.0554	0.5962	0.1213	0.0344	-0.1529	0.2115	0.0557	0.011	0.1292	0.2469	0.0251	0.0356	0.0237	0.0989	-0.0358	0.0061	0.1101	-0.0249	0.2017	-49.5469	-36.254	-12.0697
2	0.521	0.2495	0.0132	0.4743	-0.059	0.0194	-0.1084	0.1922	-0.0808	0.0209	0.1002	-0.2057	-0.0329	-0.0068	0.0082	0.0832	-0.0213	0.0214	0.1039	-0.0007	0.1509	-17.7485	-31.7845	-11.6417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 387
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 388

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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