[日本語] English
万見
- PDB-8ia5: Small peptide enhances the binding of nutline-3a to N-terminal do... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ia5
タイトルSmall peptide enhances the binding of nutline-3a to N-terminal domain of MdmX
要素
  • 9-mer peptide
  • Protein Mdm4
キーワードONCOPROTEIN / MdmX / p53 / Nutlin-3a / Enhancement
機能・相同性
機能・相同性情報


atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum development / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence ...atrial septum development / heart valve development / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum development / transcription repressor complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / negative regulation of protein catabolic process / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / ubiquitin-protein transferase activity / Regulation of TP53 Degradation / protein-containing complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...MDM4 / : / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NUT / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / Protein Mdm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Cheng, X.Y. / Wei, Q.Y. / Huang, Y. / Su, Z.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small peptide enhances the binding of nutline-3a to N-terminal domain of MdmX
著者: Cheng, X.Y. / Wei, Q.Y. / Huang, Y. / Su, Z.D.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein Mdm4
B: 9-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1924
ポリマ－11,3462
非ポリマー8462
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.080, 47.080, 90.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Protein Mdm4 / Double minute 4 protein / Mdm2-like p53-binding protein / Protein Mdmx / p53-binding protein Mdm4


分子量: 10247.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM4, MDMX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15151
#2: タンパク質・ペプチド 9-mer peptide


分子量: 1098.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide to enhance the binding of nutline-3a to N-terminal domain of MdmX
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NUT / 4-({(4S,5R)-4,5-bis(4-chlorophenyl)-2-[4-methoxy-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-4,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl}carbonyl)piperazin-2-one / Nutlin 3a / ヌトリン3a


分子量: 581.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H30Cl2N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6


分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH6.0, 1.6M Ammonium sulfate / PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→26.81 Å / Num. obs: 8075 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 24.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.93→5.23 Å / CC1/2: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACREFMAC5精密化
xia2データスケーリング
xia2データ削減
MrBUMP位相決定
HKL-3000データ収集
PDB_EXTRACTデータ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→26.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.036 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 430 5.338 %
Rwork0.2101 7626 -
all0.214 --
obs-8056 98.629 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.067 Å20 Å20 Å2
2---0.067 Å20 Å2
3---0.133 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→26.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数767 0 58 62 887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.012852
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.016822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.6611145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.51.5741895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.229595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.54510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.19610148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.551039
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3270.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2440.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1980.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.5430.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2140.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4134.58381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4194.575379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1258.192472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.138.193473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.635.226471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6265.225472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0069.376672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other79.373673
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.24256.2891095
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other15.14255.7691089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.93-1.980.307340.3155470.3145970.9240.93697.31990.263
1.98-2.0340.296300.35190.35590.930.94698.21110.244
2.034-2.0930.346270.2795120.2825510.920.95497.82210.236
2.093-2.1570.314260.2685060.2715460.9490.95197.43590.217
2.157-2.2270.251280.2564840.2565200.9590.95898.46150.217
2.227-2.3050.205250.234650.2294960.9710.96498.79030.192
2.305-2.3910.273250.2374710.2395050.9360.96398.21780.216
2.391-2.4880.316210.2154480.2194730.8940.97299.15430.187
2.488-2.5970.411180.2454230.2524500.8540.96980.222
2.597-2.7230.317320.2364060.2424410.9430.96699.31970.215
2.723-2.8690.269320.2293760.2334130.960.96498.78930.21
2.869-3.040.278250.2253800.2294070.9620.96799.50860.205
3.04-3.2470.241200.1783450.1813690.9710.97898.9160.174
3.247-3.5030.215190.193430.1923640.9710.97599.45050.203
3.503-3.8310.378140.1863130.1923280.9120.97499.69510.197
3.831-4.2730.234160.1792920.1823080.9710.9781000.205
4.273-4.9130.405100.1542550.1622660.9460.98499.62410.187
4.913-5.9670.205110.2182350.2172460.9810.971000.255
5.967-8.2370.433110.2161820.2271930.9010.9621000.256
8.237-26.810.15560.2331240.231320.9970.96998.48480.31

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る