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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i8c | ||||||
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タイトル | Plug structure of the Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / virus / capsid protein | ||||||
機能・相同性 | Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), C42 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope protein EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf101 / viral envelope / P40 / Occlusion-derived virus envelope/capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.93 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, X. / Gao, Y. / Zhang, Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Architecture of the baculovirus nucleocapsid revealed by cryo-EM. 著者: Xudong Jia / Yuanzhu Gao / Yuxuan Huang / Linjun Sun / Siduo Li / Hongmei Li / Xueqing Zhang / Yinyin Li / Jian He / Wenbi Wu / Harikanth Venkannagari / Kai Yang / Matthew L Baker / Qinfen Zhang / 要旨: Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known ...Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known about the structure of most baculovirus proteins. Here, we show a 3.2 Å resolution structure of helical cylindrical body of the AcMNPV nucleocapsid, composed of VP39, as well as 4.3 Å resolution structures of both the head and the base of the nucleocapsid composed of over 100 protein subunits. AcMNPV VP39 demonstrates some features of the HK97-like fold and utilizes disulfide-bonds and a set of interactions at its C-termini to mediate nucleocapsid assembly and stability. At both ends of the nucleocapsid, the VP39 cylinder is constricted by an outer shell ring composed of proteins AC104, AC142 and AC109. AC101(BV/ODV-C42) and AC144(ODV-EC27) form a C14 symmetric inner layer at both capsid head and base. In the base, these proteins interact with a 7-fold symmetric capsid plug, while a portal-like structure is seen in the central portion of head. Additionally, we propose an application of AlphaFold2 for model building in intermediate resolution density. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i8c.cif.gz | 167.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i8c.ent.gz | 126.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i8c_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i8c_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8i8c_validation.xml.gz | 52.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i8c_validation.cif.gz | 74.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35247MC 8i8aC 8i8bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41583.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) 参照: UniProt: A0A0N7CQX9 #2: タンパク質 | 分子量: 33568.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) 参照: UniProt: A0A0N7CT36 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36127 / 対称性のタイプ: POINT |