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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i89 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cph001-D189N in complex with VIO | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / Phosphotransferase / Capreomycin / Cph / Resistance / Viomycin | ||||||
機能・相同性 | viomycin kinase / viomycin kinase activity / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / phosphorylation / Protein kinase-like domain superfamily / Viomycin / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Viomycin kinase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptosporangium roseum (バクテリア) Streptomyces vinaceus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C.Y. / Toh, S.I. / Elaine K, J. / Hsiao, P.Y. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Discovery and characterization of genes conferring natural resistance to the antituberculosis antibiotic capreomycin. 著者: Toh, S.I. / Elaine Keisha, J. / Wang, Y.L. / Pan, Y.C. / Jhu, Y.H. / Hsiao, P.Y. / Liao, W.T. / Chen, P.Y. / Ko, T.M. / Chang, C.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i89.cif.gz | 122.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i89.ent.gz | 93 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i89_validation.pdf.gz | 911.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i89_full_validation.pdf.gz | 915.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8i89_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i89_validation.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i89 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30438.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptosporangium roseum (バクテリア) 遺伝子: Sros_4606 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D2B3F1 #2: タンパク質・ペプチド | | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Sodium acetate trihydrate pH 4.6, Polyethylene glycol 4,000, Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 43019 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 36.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 4228 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→23.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.289 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.965 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→23.19 Å
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拘束条件 |
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