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- PDB-8i78: Meso-Diaminopimelate dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i78
タイトルMeso-Diaminopimelate dehydrogenase
要素Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidordeuctase / Meso-Diaminopimelate dehydrogenase / D-Amino acid / Reductive amination
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wei, S. / Wu, T.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Analysis of the catalytic mechanism of meso-DAPDH and extension of D-aromatic amino acid substrate scope
著者: wu, T.F. / wei, S.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
D: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,1004
ポリマ－129,1004
非ポリマー00
水8,233457
1
A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,6496
ポリマ－193,6496
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area24190 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area69380 Å2
手法PISA
2
B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
D: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
D: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,6496
ポリマ－193,6496
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area24050 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area69090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.910, 211.910, 245.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-434-

HOH

21A-435-

HOH

31B-392-

HOH

41B-412-

HOH

51B-418-

HOH

61C-399-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase


分子量: 32274.896 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: EKQ45_05540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A857SCE6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日 / 詳細: multilayer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→47.48 Å / Num. obs: 58941 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 5.13 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.64→2.71 Å / Num. unique obs: 4572 / CC1/2: 0.689

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXV1.0精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→47.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.086 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21409 3204 5.2 %RANDOM
Rwork0.18332 ---
obs0.18491 58941 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0.36 Å20 Å2
2---0.73 Å2-0 Å2
3---2.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.64→47.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8980 0 0 457 9437
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0139125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4351.6312365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2481.58120463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99251186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00723.237414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.692151599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0291545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8453.8244750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8453.8244749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4925.7355931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4925.7345932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7374.2574373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7374.2574373
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9246.2076431
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.07944.9469419
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.07844.9469414
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A90670.04
12B90670.04
21A90540.05
22C90540.05
31A90390.05
32D90390.05
41B91160.04
42C91160.04
51B90630.05
52D90630.05
61C90420.06
62D90420.06
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.709 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 257 -
Rwork0.292 4315 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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