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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i67 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycosylase in complex with 2,4-Thiazolidinedione, Form I | ||||||
![]() | Uracil-DNA glycosylase![]() | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raj, P. / Paul, A. / Gopal, B. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study ...タイトル: Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study with the barbituric acid fragment. 著者: Kesharwani, S. / Raj, P. / Paul, A. / Roy, K. / Bhanot, A. / Mehta, A. / Gopal, A. / Varshney, U. / Gopal, B. / Sundriyal, S. #1: ![]() タイトル: Structural plasticity in Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase (MtUng) and its functional implications. 著者: Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8i61C ![]() 8i62C ![]() 8i63C ![]() 8i64C ![]() 8i65C ![]() 8i66C ![]() 8i68C ![]() 8i69C ![]() 8i6aC ![]() 8i6bC ![]() 8i6cC ![]() 8i6dC ![]() 4ws4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ung, Rv2976c, MTCY349.11 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-OD3 / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG (w/v) 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.72→34.95 Å / Num. obs: 20377 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Num. unique obs: 2829 / CC1/2: 0.941 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4WS4 解像度: 1.72→34.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.043 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.278 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.72→34.98 Å
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拘束条件 |
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