PDB-8i60: Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with histone H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i60

タイトル

Crystal structure of GAS41 YEATS domain in complex with histone H3K27cr

要素

ALA-ARG-KCR-SER-ALA-PRO
YEATS domain-containing protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING / Histone H3 lysine crotonylation

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / nucleosome / mitotic cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Konuma, T. / Zhou, M.-M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023
タイトル: Histone H3 lysine 27 crotonylation mediates gene transcriptional repression in chromatin.
著者: Liu, N. / Konuma, T. / Sharma, R. / Wang, D. / Zhao, N. / Cao, L. / Ju, Y. / Liu, D. / Wang, S. / Bosch, A. / Sun, Y. / Zhang, S. / Ji, D. / Nagatoishi, S. / Suzuki, N. / Kikuchi, M. / ...

履歴

登録	2023年1月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	8i60_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i60_full_validation.pdf.gz	493.5 KB	表示
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CIF形式データ	8i60_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i60	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

C: YEATS domain-containing protein 4

D: YEATS domain-containing protein 4

A: ALA-ARG-KCR-SER-ALA-PRO

B: ALA-ARG-KCR-SER-ALA-PRO

ヘテロ分子

35.7 kDa, 4 ポリマー
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1

C: YEATS domain-containing protein 4

A: ALA-ARG-KCR-SER-ALA-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.9 kDa, 2 ポリマー
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2

D: YEATS domain-containing protein 4

B: ALA-ARG-KCR-SER-ALA-PRO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.980, 91.980, 83.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	YEATS domain-containing protein 4 / Glioma-amplified sequence 41 / Gas41 / NuMA-binding protein 1 / NuBI-1 / NuBI1 分子量: 16479.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YEATS4, GAS41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95619
#2: タンパク質・ペプチド	ALA-ARG-KCR-SER-ALA-PRO 分子量: 1299.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→61.79 Å / Num. obs: 16481 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.4 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2342 / CC_1/2: 0.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→61.79 Å / SU ML: 0.3514 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.4314
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2911	833	5.07 %
R_work	0.2561	15596	-
obs	0.2579	16429	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→61.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1791	0	11	57	1859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	1847
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2017	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0585	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	322
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2964	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.44	0.3543	118	0.3171	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.44-2.63	0.3482	147	0.3254	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.9	0.3809	138	0.3088	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.9-3.32	0.3013	144	0.2751	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-4.18	0.2983	144	0.2241	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.18-61.79	0.2299	142	0.2312	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.95405236956	3.46676164254	1.87904944569	5.9542193159	3.7399011339	3.97680807662	0.203444657261	-0.0728467495041	-0.554738973096	0.017440911801	0.23865970508	-0.594837191857	-0.372201834672	-0.16393380211	-0.404057754041	0.261441734588	0.0797407669784	0.042650506634	0.310974975565	0.102328801449	0.31614594808	8.0529277092	32.6732229963	10.3130110295
2	9.43457244715	4.27933481146	6.14997323128	2.64007134974	3.59569418272	5.92905629827	-1.03469986036	-0.435816268777	-2.29563160002	0.380647611024	-0.87188839407	0.271161279748	0.629812119715	-0.0122768301331	1.50687661421	0.502224130792	-0.169308937046	0.168605945243	0.473993626761	-0.0486572672226	0.870736421098	-15.3333241132	9.57641799153	11.8630934663
3	3.79382493181	-1.91712753515	-1.00840344872	2.93501013383	1.85031007501	4.97392910678	0.315411728686	0.115933470236	0.175936363851	0.446579455572	0.244117518462	-0.755860736231	0.408345473788	0.275947027526	-0.454253991981	0.279371716354	0.0256882591673	-0.072570302948	0.197297219672	-0.00849105078324	0.395523091329	5.99721250617	24.8060974349	13.0746951248
4	0.521494352115	1.83535509424	-0.153517555745	6.7115299086	0.205901271789	2.251131178	-0.00611540626536	-0.63992116008	0.305413498747	0.261968125665	0.1223107681	1.01720342278	0.485391787324	-0.662993088193	-0.101490324856	0.424926203067	-0.115435416786	0.137745332997	0.853559885508	-0.0314569590059	0.345805284005	-11.5415588296	23.2704192322	20.044282893
5	1.58430228301	-0.0488506525997	-0.0526072021687	6.01833882024	1.61261066681	3.04876818432	0.00409413387067	-0.0663347246841	-0.104327622474	0.839561129744	0.0499513118944	-0.540109482493	0.159160544726	-0.418480588727	-0.045945261629	0.355580318199	-0.0289175042282	-0.0349300842121	0.312553181207	0.0873194639886	0.324908007884	-1.95017596525	24.4295783118	16.3708403389
6	3.18533767	0.0613418540081	1.05309609009	1.60566669369	0.194699787189	2.2424018474	-0.0665958889312	-0.547741027077	0.52959541533	0.329005907771	0.250935110988	-0.213932512636	-0.677534178148	0.0757022671145	0.00779573419966	0.42852607295	0.0384199172824	-0.00398053573262	0.184961812117	0.0477935575721	0.268457710346	3.57557972174	35.5593616436	16.9376449869
7	4.98109363938	2.60135880752	0.796479023678	3.20674955886	0.238529821232	4.13496430129	-0.0836706262516	0.928341190573	0.827721506683	-0.846112012307	0.293926193756	0.305395741977	-0.595550093093	-0.43322483081	-0.138509291106	0.335438991792	0.0953144046009	0.171940240206	0.481185401546	0.0893533189431	0.515969919042	0.415322403733	26.6430834192	4.71435409463
8	0.32139027635	-0.515537224708	-0.942062116258	0.826438613641	1.5024461913	2.73781688372	0.340825672801	-0.318346207645	-0.268688882583	-0.763769500113	0.457753236182	0.696569736422	-0.15359541732	-0.64050323636	0.754652809706	1.02852137828	-0.0165331732311	-0.212394861464	0.599119430645	0.414552679964	0.603701003946	24.876	42.246	17.921
9	2.94227819694	-1.26391581026	-1.09120673126	2.74226681765	0.287778824	3.61477163692	0.05935820444	0.308448813883	-0.176811264874	0.217157004555	0.577971933939	0.185648908533	0.109177843847	0.95474759817	-0.180192335388	0.317163995435	-0.00546148188599	0.0597416849654	0.417508414264	-0.209017474893	0.314784824825	11.2935155614	23.3945660386	-6.0134286216
10	1.808179344	-0.496042772027	0.155157300897	0.54697895201	1.51672101948	6.03484023277	0.835125889594	-0.633664179063	0.868164182749	-0.210973493009	0.440819579307	-0.922018644841	0.0159325139443	1.19927838102	-0.263827051413	0.962154577962	-0.47577091847	0.256209024627	0.79221341505	-0.163098532959	0.663172666081	15.593908951	36.6821586734	-7.4374861748
11	3.43684545604	-0.703946112128	-1.37991729515	7.92123435457	3.4161831554	8.00841945336	0.184895924986	0.471543600076	0.210231126539	-1.10071707273	-0.204218870532	0.543197184237	-1.25425917441	0.655198767526	-0.00957660906091	0.496972117654	-0.0108516711315	-0.0423940513083	0.473626158661	0.0065305732918	0.295422807808	9.81569499432	25.5883040726	-15.0129741075
12	2.80427300659	0.370671577759	1.17189625711	3.24519479459	-1.23002886768	1.07455315711	-0.0484716832993	0.0123089071157	-0.364340780155	0.777625307092	0.111922854148	-0.142017701444	0.141144085143	-0.230601329648	-0.015875839206	0.403245294778	0.110157555651	0.00636415369299	0.416861616906	-0.11284262537	0.45359611666	12.5705963476	7.70192591104	-6.41861496128
13	0.296708049912	0.26828883643	-0.360889235033	5.97418529472	-1.45462787969	0.667187828064	-0.048042999719	0.0888123402164	-0.783400608327	1.35531555483	0.00859892626369	-1.64031388545	0.136709349073	0.785064977725	-0.222667874492	0.423659767244	0.170234726606	0.0164996839145	1.03714190039	-0.276073349917	0.383906095997	24.507	27.046	-6.844

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 14 through 33 )	C	A	14 - 33	1 - 20
2	2	chain 'C' and (resid 34 through 44 )	C	A	34 - 44	21 - 29
3	3	chain 'C' and (resid 45 through 69 )	C	A	45 - 69	30 - 54
4	4	chain 'C' and (resid 70 through 77 )	C	A	70 - 77	55 - 62
5	5	chain 'C' and (resid 78 through 104 )	C	A	78 - 104	63 - 89
6	6	chain 'C' and (resid 105 through 117 )	C	A	105 - 117	90 - 102
7	7	chain 'C' and (resid 118 through 146 )	C	A	118 - 146	103 - 124
8	8	chain 'C' and (resid 147 through 149 )	C	A - B	147 - 301	125
9	9	chain 'D' and (resid 23 through 58 )	D	C	23 - 58	1 - 28
10	10	chain 'D' and (resid 59 through 69 )	D	C	59 - 69	29 - 39
11	11	chain 'D' and (resid 70 through 123 )	D	C	70 - 123	40 - 84
12	12	chain 'D' and (resid 124 through 137 )	D	C	124 - 137	85 - 98
13	13	chain 'D' and (resid 138 through 143 )	D	C - D	138 - 301	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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