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- PDB-8i4q: Crystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Coryne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i4q
タイトルCrystal structure of 6-phosphogluconate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum
要素6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid catabolic process / D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yu, H. / Kim, K.-J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Microbiol Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of 6-Phosphogluconate Dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum.
著者: Yu, H. / Hong, J. / Seok, J. / Seu, Y.B. / Kim, I.K. / Kim, K.J.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,97816
ポリマ－105,7102
非ポリマー2,26814
水11,710650
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15050 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area33710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.004, 119.471, 153.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量: 52854.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl1452 / プラスミド: pET30a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NQI2
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Magnesium formate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 92594 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 2.533 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 513783
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.935.50.37745010.930.9820.1720.4161.8297.4
1.93-1.975.50.31245180.9470.9860.1430.3441.87397.8
1.97-2.015.40.27545070.960.990.1260.3041.96797.7
2.01-2.055.40.23545180.9630.9910.1090.262.02698.2
2.05-2.095.40.20445390.9730.9930.0940.2262.12298.2
2.09-2.145.40.17645730.9790.9950.0810.1952.17398.7
2.14-2.195.40.16245720.9810.9950.0750.1792.23598.8
2.19-2.255.40.14445740.9840.9960.0670.1592.32799
2.25-2.325.40.13145890.9860.9970.0610.1452.3999.3
2.32-2.395.40.11846260.9880.9970.0550.132.46199.5
2.39-2.485.50.10746300.990.9970.050.1182.599.5
2.48-2.585.50.09846370.9930.9980.0450.1082.45699.7
2.58-2.75.60.0946520.9920.9980.0410.0992.54799.7
2.7-2.845.60.08346400.9940.9980.0380.0922.65499.8
2.84-3.025.60.07547010.9950.9990.0340.0822.8499.9
3.02-3.255.70.06746700.9950.9990.030.0742.95999.9
3.25-3.585.70.05947270.9970.9990.0270.0653.22799.9
3.58-4.095.90.05647250.9970.9990.0250.0613.36499.9
4.09-5.1660.05147870.9970.9990.0230.0573.2599.9
5.16-505.50.05249080.9960.9990.0250.0583.02797.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.619 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20217 4680 5.1 %RANDOM
Rwork0.16408 ---
obs0.16601 87822 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.081 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→33.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7218 0 143 650 8011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0137485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.63410175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5111.57815924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0635956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33622.591386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.618151174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.111550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1212.1023835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1092.0993831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0193.1374784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.023.1374785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4192.6043650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4192.6053651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0963.7825392
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.00526.2448601
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.00526.2188593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 298 -
Rwork0.196 6289 -
obs--96.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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