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- PDB-8i4d: X-ray structure of a L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i4d
タイトルX-ray structure of a L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase from Fusarium oxysporum 12S, L-Rha complex at 100K
要素L-Rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase
キーワードLYASE / polysaccharide lyase / gum arabic / carbohydrate-active enzyme
機能・相同性BNR repeat-containing family member / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / metal ion binding / ACETATE ION / alpha-L-rhamnopyranose / L-Rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase
機能・相同性情報
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Yano, N. / Kondo, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Arakawa, T. / Sakamoto, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00929 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H02443 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26660083 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Charge neutralization and beta-elimination cleavage mechanism of family 42 L-rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase revealed using neutron crystallography.
著者: Yano, N. / Kondo, T. / Kusaka, K. / Arakawa, T. / Sakamoto, T. / Fushinobu, S.
履歴
登録2023年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-Rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7297
ポリマ－50,0851
非ポリマー1,6446
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.313, 65.230, 108.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-Rhamnose-alpha-1,4-D-glucuronate lyase


分子量: 50085.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / 遺伝子: Forham1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A8J0PCK3, EC: 4.2.2.28

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 462分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PROTEIN SOLUTION : PROTEIN 24MG/ML, 20MM TRIS-DCL (PD 8.0), RESERVOIR SOLUTION : 36 % (W/V) PEG 1500, 0.1 M TRIS-DCL (PD 8.5), 0.1 M L-RHA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→42.63 Å / Num. obs: 180680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.06→1.08 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 1.075 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8886 / CC1/2: 0.814 / Rpim(I) all: 0.323 / Rrim(I) all: 1.124 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7YQS

7yqs


解像度: 1.06→41.65 Å / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8128
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 8948 4.96 %
Rwork0.1718 171584 -
obs0.1723 180532 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→41.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3337 0 108 458 3903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90374963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0869543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.38041360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.06-1.070.26882840.25565673X-RAY DIFFRACTION99.97
1.07-1.080.25683150.24695646X-RAY DIFFRACTION100
1.08-1.10.24552730.23845691X-RAY DIFFRACTION100
1.1-1.110.25243180.23345610X-RAY DIFFRACTION100
1.11-1.130.22312790.22395710X-RAY DIFFRACTION99.98
1.13-1.140.22923000.22175656X-RAY DIFFRACTION99.98
1.14-1.160.2252760.21585680X-RAY DIFFRACTION100
1.16-1.180.22943320.21415649X-RAY DIFFRACTION99.98
1.18-1.190.20913010.20775670X-RAY DIFFRACTION99.98
1.19-1.210.20842980.2015688X-RAY DIFFRACTION100
1.21-1.230.20622700.19595703X-RAY DIFFRACTION99.98
1.23-1.260.21733040.19695672X-RAY DIFFRACTION100
1.26-1.280.19182820.19645705X-RAY DIFFRACTION99.97
1.28-1.310.21982880.19535675X-RAY DIFFRACTION99.98
1.31-1.340.2142930.19015682X-RAY DIFFRACTION99.95
1.34-1.370.2262830.19135727X-RAY DIFFRACTION100
1.37-1.40.18962880.18365667X-RAY DIFFRACTION99.92
1.4-1.440.17953010.18255722X-RAY DIFFRACTION99.93
1.44-1.480.19132890.17365706X-RAY DIFFRACTION99.93
1.48-1.530.17963060.17155700X-RAY DIFFRACTION99.97
1.53-1.580.18152910.17075727X-RAY DIFFRACTION99.98
1.58-1.650.17613000.16315735X-RAY DIFFRACTION99.93
1.65-1.720.17333290.16535681X-RAY DIFFRACTION99.97
1.72-1.810.192900.16515754X-RAY DIFFRACTION99.97
1.81-1.930.16813050.16595748X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.070.16943090.16275748X-RAY DIFFRACTION99.92
2.07-2.280.172970.15985791X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.610.18423130.16775816X-RAY DIFFRACTION99.95
2.61-3.290.17693030.16255880X-RAY DIFFRACTION99.9
3.29-41.650.15773310.1476072X-RAY DIFFRACTION99.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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