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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i3g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Eaf3-Eaf7 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Complex / MRG domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 H4/H2A histone acetyltransferase complex / Rpd3S complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z. / Xu, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023 タイトル: Molecular basis for Eaf3-mediated assembly of Rpd3S and NuA4. 著者: Chen, Z. / Lundy, T. / Zhu, Z. / Hoskins, V.E. / Zhang, J. / Yao, X. / Strahl, B.D. / Xu, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i3g.cif.gz | 172.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i3g.ent.gz | 136.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i3g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i3g_validation.pdf.gz | 446 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i3g_full_validation.pdf.gz | 449 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8i3g_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i3g_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i3fC 2f5jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21258.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: EAF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4F719 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4409.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: EAF7, GI527_G0004968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BXU7 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.025% v/v Dichloromethane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40.24 Å / Num. obs: 18423 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1907 / CC1/2: 0.947 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2F5J 解像度: 2.4→36.39 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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