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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i28 | ||||||
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タイトル | Structure of Phosphoserine Aminotransferase from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Phosphoserine aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Phosphoserine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Serine biosynthesis / serine family amino acid biosynthetic process / phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / purine nucleobase biosynthetic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Jang, J.Y. / Chang, J.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Molecular Structure of Phosphoserine Aminotransferase from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Jang, J. / Chang, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i28.cif.gz | 270.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i28.ent.gz | 220 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i28.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/8i28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/8i28 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6czxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43470.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SER1, SERC, YOR184W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33330, phosphoserine transaminase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.4 M ammonium sulfate and 0.1 M citric acid (pH 3.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 3519 / CC1/2: 0.506 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6CZX 解像度: 2.8→48.33 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 74.7884 Å / Origin y: 34.3092 Å / Origin z: 71.4581 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |