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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i1o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of APSK2 domain from human PAPSS2 in complex with exogenous APS and ADP | ||||||
要素 | Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 2 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / 5'-phosphosulfate kinase 2 domain / APSK2 / human papss2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective PAPSS2 causes SEMD-PA / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / hormone metabolic process ...Defective PAPSS2 causes SEMD-PA / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / hormone metabolic process / nucleotidyltransferase activity / bone development / blood coagulation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Song, W.Y. / Zhang, L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Redox switching mechanism of the adenosine 5'-phosphosulfate kinase domain (APSK2) of human PAPS synthase 2. 著者: Zhang, L. / Song, W. / Li, T. / Mu, Y. / Zhang, P. / Hu, J. / Lin, H. / Zhang, J. / Gao, H. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i1o.cif.gz | 168.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i1o.ent.gz | 133.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i1o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/8i1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/8i1o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8i1mC 8i1nC 2ofxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22514.451 Da / 分子数: 4 / 断片: APSK2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAPSS2, ATPSK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O95340, sulfate adenylyltransferase, adenylyl-sulfate kinase #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-ADX / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium citrate dihydrate, pH7.0 and 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9875 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9875 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 31651 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Χ2: 0.163 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 121780 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OFX 解像度: 2.4→48.972 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.972 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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