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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i01 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli glyoxylate carboligase | ||||||
要素 | Glyoxylate carboligase | ||||||
キーワード | LIGASE / GCL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding ...tartronate-semialdehyde synthase / tartronate-semialdehyde synthase activity / glycolate catabolic process / acetolactate synthase complex / glyoxylate catabolic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J.H. / Kim, J.S. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023 タイトル: Engineering of two thiamine diphosphate-dependent enzymes for the regioselective condensation of C1-formaldehyde into C4-erythrulose. 著者: Kim, J.H. / Cheon, H. / Jo, H.J. / Kim, J.W. / Kim, G.Y. / Seo, H.R. / Seo, P.W. / Kim, J.S. / Park, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i01.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i01.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i01_validation.pdf.gz | 7.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i01_full_validation.pdf.gz | 7.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8i01_validation.xml.gz | 147.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i01_validation.cif.gz | 215.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/8i01 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i05C 8i07C 8i08C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 64841.590 Da / 分子数: 6 / 変異: M488L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: gcl, b0507, JW0495 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEP7, tartronate-semialdehyde synthase |
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-非ポリマー , 5種, 2619分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-TPP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-UQ0 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride, 40 mM dithiothreitol, 0.5% (v/v) polyethylene glycol 6000 (PEG6K), using hanging-drop vapor-diffusion method |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 243437 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 26.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.992 / Χ2: 0.085 / Net I/σ(I): 2.5 / Num. measured all: 5204950 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→48.58 Å / SU ML: 0.2516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.6745 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -47.799450529 Å / Origin y: 55.7337415966 Å / Origin z: -110.278491991 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |