PDB-8hzy: The crystal structure of a Radical SAM Enzyme DesII

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hzy

タイトル

The crystal structure of a Radical SAM Enzyme DesII

要素

DesII

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme / Deamination / Dehydrogenase

機能・相同性

METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03978804974 Å

データ登録者

Hou, X.L. / Zhou, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structure and Computational Analysis of the Radical SAM Deaminase DesII.
著者: Hou, X. / Feng, J. / Franklin, J.L. / Russo, R. / Guo, Z. / Zhou, J. / Gao, J.M. / Liu, H.W. / Wang, B.

履歴

登録	2023年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hzy.cif.gz	463.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hzy.ent.gz	312.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hzy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hzy_validation.pdf.gz	913.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hzy_full_validation.pdf.gz	924.2 KB	表示
XML形式データ	8hzy_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	8hzy_validation.cif.gz	60.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hzvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DesII

B: DesII

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DesII

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DesII

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.088, 105.190, 118.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-715- HOH

#1: タンパク質	DesII 分子量: 56257.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% PEG 6000 and 1.0 M LiCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→32.98 Å / Num. obs: 77686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.5924426477 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.04→2.08 Å / Num. unique obs: 4562 / CC_1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
PHENIX	1.12_2829	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03978804974→32.9785331948 Å / SU ML: 0.232774938844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45323330331 / 位相誤差: 23.7355692357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244248662922	3912	5.04266673541 %
R_work	0.205485169988	73666	-
obs	0.207433659102	77578	99.8545520073 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.0144732487 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03978804974→32.9785331948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7135	0	25	697	7857

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00546367188634	7324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.770740635781	9966
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465220912716	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00546156012985	1340
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.700382079	4365

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0398-2.0647	0.31324443475	162	0.282370232567	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.3150684932
2.0647-2.0908	0.324114739286	125	0.269463172967	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0908-2.1183	0.279461140017	149	0.259134914865	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.8542274052
2.1183-2.1473	0.261650152703	142	0.255041590938	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.9635701275
2.1473-2.178	0.311776120278	140	0.249336043696	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.926953981
2.178-2.2105	0.302141876412	141	0.240426578139	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.9637812387
2.2105-2.245	0.295636582822	153	0.234582384443	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.9268203439
2.245-2.2818	0.265046912904	149	0.228969905627	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.853103195
2.2818-2.3212	0.295765185646	134	0.220230921516	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.9284180387
2.3212-2.3633	0.261310532641	138	0.223669105241	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.8906306963
2.3633-2.4088	0.236004602094	121	0.221633830822	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.889135255
2.4088-2.4579	0.252029944447	133	0.217773093442	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.8189061934
2.4579-2.5114	0.246920520928	134	0.216022578004	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.928212491
2.5114-2.5698	0.254198940013	134	0.210614534115	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.8536406879
2.5698-2.634	0.267566226945	118	0.204118356703	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.9639899172
2.634-2.7052	0.300208498875	118	0.21904923778	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.9635036496
2.7052-2.7848	0.258971325886	133	0.211643839944	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.8916967509
2.7848-2.8746	0.277021226278	159	0.206227538344	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.9275362319
2.8746-2.9773	0.248878285525	143	0.202926960177	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9773-3.0964	0.269863676362	134	0.20818085565	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0964-3.2372	0.219931984599	131	0.199862337799	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.7826874321
3.2372-3.4077	0.259372627335	157	0.190102009293	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.9285459093
3.4077-3.621	0.234821423072	148	0.184041604671	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.9640417116
3.621-3.9001	0.201522928132	148	0.178355031244	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.9285714286
3.9001-4.2919	0.184069443753	134	0.168412399339	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.9286733238
4.2919-4.9111	0.217166471469	150	0.165867519867	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.7896950578
4.9111-6.1809	0.219481095886	137	0.208701158173	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.9300699301
6.1809-32.978	0.178112453016	147	0.185270847561	2812	X-RAY DIFFRACTION	98.9963198394

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.6343530113 Å / Origin y: -63.9106162477 Å / Origin z: -10.6900482999 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0765463925862 Å²	-0.0168424086167 Å²	0.00646659350294 Å²	-	0.102318870473 Å²	0.00266187811449 Å²	-	-	0.0957731582789 Å²
L	0.0789804385516 °²	-0.136977500819 °²	0.0121204272566 °²	-	0.293889948436 °²	-0.0310080717757 °²	-	-	0.098430107472 °²
S	-0.00444270542726 Å °	0.00331979191751 Å °	-0.0197927846687 Å °	0.00508711826451 Å °	0.00423051023082 Å °	0.0171352400616 Å °	0.0262869313873 Å °	-0.0151066552533 Å °	0.00147898220327 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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新型コロナ情報

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