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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hzy | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a Radical SAM Enzyme DesII | ||||||
要素 | DesII | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme / Deamination / Dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03978804974 Å | ||||||
データ登録者 | Hou, X.L. / Zhou, J.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024 タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structure and Computational Analysis of the Radical SAM Deaminase DesII. 著者: Hou, X. / Feng, J. / Franklin, J.L. / Russo, R. / Guo, Z. / Zhou, J. / Gao, J.M. / Liu, H.W. / Wang, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hzy.cif.gz | 462.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hzy.ent.gz | 312.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hzy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hzy_validation.pdf.gz | 913.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hzy_full_validation.pdf.gz | 924.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hzy_validation.xml.gz | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hzy_validation.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hzvC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56257.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MET / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% PEG 6000 and 1.0 M LiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→32.98 Å / Num. obs: 77686 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.5924426477 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.08 Å / Num. unique obs: 4562 / CC1/2: 0.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03978804974→32.9785331948 Å / SU ML: 0.232774938844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45323330331 / 位相誤差: 23.7355692357 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.0144732487 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03978804974→32.9785331948 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 23.6343530113 Å / Origin y: -63.9106162477 Å / Origin z: -10.6900482999 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |