+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8hzy | ||||||
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Title | The crystal structure of a Radical SAM Enzyme DesII | ||||||
Components | DesII | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme / Deamination / Dehydrogenase | ||||||
Function / homology | METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03978804974 Å | ||||||
Authors | Hou, X.L. / Zhou, J.H. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Adv Sci / Year: 2024 Title: Mechanistic Insights from the Crystal Structure and Computational Analysis of the Radical SAM Deaminase DesII. Authors: Hou, X. / Feng, J. / Franklin, J.L. / Russo, R. / Guo, Z. / Zhou, J. / Gao, J.M. / Liu, H.W. / Wang, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8hzy.cif.gz | 462.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8hzy.ent.gz | 312.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8hzy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8hzy_validation.pdf.gz | 913.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8hzy_full_validation.pdf.gz | 924.2 KB | Display | |
Data in XML | 8hzy_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8hzy_validation.cif.gz | 60.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8hzvC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56257.723 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MET / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 58.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 20% PEG 6000 and 1.0 M LiCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 7, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→32.98 Å / Num. obs: 77686 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 18.5924426477 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.08 Å / Num. unique obs: 4562 / CC1/2: 0.68 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.03978804974→32.9785331948 Å / SU ML: 0.232774938844 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45323330331 / Phase error: 23.7355692357 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.0144732487 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.03978804974→32.9785331948 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 23.6343530113 Å / Origin y: -63.9106162477 Å / Origin z: -10.6900482999 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |