PDB-8hzv: The crystal structure of a Radical SAM Enzyme DesII

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hzv

タイトル

The crystal structure of a Radical SAM Enzyme DesII

要素

Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme DesII

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme / Deamination / Dehydrogenase

機能・相同性

METHIONINE / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.33001676063 Å

データ登録者

Hou, X.L. / Zhou, J.H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024
タイトル: Mechanistic Insights from the Crystal Structure and Computational Analysis of the Radical SAM Deaminase DesII.
著者: Hou, X. / Feng, J. / Franklin, J.L. / Russo, R. / Guo, Z. / Zhou, J. / Gao, J.M. / Liu, H.W. / Wang, B.

履歴

登録	2023年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hzv.cif.gz	889.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hzv.ent.gz	606.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hzv_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hzv_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8hzv_validation.xml.gz	69.4 KB	表示
CIF形式データ	8hzv_validation.cif.gz	95.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hzyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme DesII

B: Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme DesII

C: Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme DesII

D: Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme DesII

ヘテロ分子

220 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.186, 140.790, 116.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.279, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Radical S-Adenosyl-L-methionine Enzyme DesII 分子量: 54334.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 539分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 32% PEG 4000, 0.2 M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→49.2 Å / Num. obs: 94112 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.6414162793 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.33→2.37 Å / Num. unique obs: 4668 / CC_1/2: 0.686

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.33001676063→49.1925471228 Å / SU ML: 0.292352457745 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3348202724 / 位相誤差: 25.2644791855
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234776397721	4713	5.01020538334 %
R_work	0.204260079099	89355	-
obs	0.205792121245	94068	99.9012329946 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.0468090789 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33001676063→49.1925471228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14788	0	139	524	15451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00285930350591	15272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.574527638613	20782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0412483883907	2234
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00409482490113	2790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2060513896	9088

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33002-2.3565	0.329143201468	165	0.281430209685	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3565-2.3842	0.33128229353	156	0.280380992272	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3842-2.4133	0.332782083397	176	0.277803637925	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4133-2.4438	0.305636831669	154	0.268656110646	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4438-2.476	0.28989492802	148	0.254515344353	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.476-2.5099	0.289535887886	165	0.262545888133	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5099-2.5458	0.284225352793	178	0.257951814518	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.9681528662
2.5458-2.5838	0.287803104279	140	0.260183376513	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5838-2.6241	0.30230011314	165	0.256116482903	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6241-2.6672	0.310477197568	163	0.2591300826	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.8421717172
2.6672-2.7131	0.289231928483	134	0.268063242567	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.4485890367
2.7131-2.7625	0.258004570968	172	0.247898967951	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7625-2.8156	0.29439950178	173	0.243722729993	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8731	0.295979674877	183	0.246927515763	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8731-2.9355	0.333164451584	134	0.246953995964	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9355-3.0038	0.301569239287	144	0.237552297373	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0038-3.0789	0.254419009073	139	0.233657170615	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0789-3.1621	0.272157260104	153	0.226639919534	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1621-3.2552	0.227644405455	131	0.230529042353	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2552-3.3602	0.25213366063	158	0.22854437028	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3602-3.4803	0.23832749488	155	0.216605556953	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.5572422517
3.4803-3.6196	0.223467923345	148	0.202843845184	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6196-3.7843	0.238416164374	150	0.194471789337	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.7096774194
3.7843-3.9837	0.215222237898	151	0.186467778636	2980	X-RAY DIFFRACTION	99.4283899651
3.9837-4.2332	0.193731140864	158	0.172254375715	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2332-4.5598	0.201881097473	157	0.156000443984	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5598-5.0183	0.191216315977	173	0.159996745916	2987	X-RAY DIFFRACTION	99.9683644416
5.0183-5.7435	0.198966829123	176	0.177969985525	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.9365280863
5.7435-7.2325	0.205365186578	151	0.174340644292	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2325-49.19	0.159075463251	163	0.149163346475	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.2558139535

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -59.1026809911 Å / Origin y: 9.1879835681 Å / Origin z: -84.2593241193 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.348413994832 Å²	-0.0127073646827 Å²	0.0102393065167 Å²	-	0.326964695533 Å²	-0.0078855637861 Å²	-	-	0.342606630213 Å²
L	0.0548166793475 °²	0.00706063375506 °²	0.0412494271509 °²	-	-0.0130401389812 °²	-0.0256515108882 °²	-	-	0.101992559058 °²
S	0.0111256194084 Å °	-0.0411659802936 Å °	0.0123986470605 Å °	0.0323284446508 Å °	-0.00834206277216 Å °	0.00696539185949 Å °	-0.0332767307853 Å °	-0.0249450188887 Å °	-0.00716159369534 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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