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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hzm | ||||||
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タイトル | A new fluorescent RNA aptamer bound with N, manganese soak | ||||||
要素 | RNA (36-MER) | ||||||
キーワード | RNA / Fluorescent RNA aptamer | ||||||
機能・相同性 | GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, K.Y. / Ren, A.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis of a small monomeric Clivia fluorogenic RNA with a large Stokes shift. 著者: Huang, K. / Song, Q. / Fang, M. / Yao, D. / Shen, X. / Xu, X. / Chen, X. / Zhu, L. / Yang, Y. / Ren, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hzm.cif.gz | 56.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hzm.ent.gz | 39.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hzm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hzm_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hzm_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hzm_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hzm_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/8hzm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 11274.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) |
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-非ポリマー , 6種, 64分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | 分子量: 361.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.05 M Magnesium Chloride, 0.1 M HEPES pH7.5, 30%polyethylene glycol monomethyl ether 550, 0.6% 1,6-diaminohexane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 6395 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.254 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 37919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8HZE 解像度: 2.5→39.14 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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