PDB-8hyn: Bacterial STING from Riemerella anatipestifer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hyn

タイトル

Bacterial STING from Riemerella anatipestifer

要素

CD-NTase-associated protein 12

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Riemerella anatipestifer Yb2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.089 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the regulation, ligand recognition, and oligomerization of bacterial STING.
著者: Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Liao, K.F. / Chang, J.W. / Shih, O. / Yeh, Y.Q. / Sriramoju, M.K. / Weng, T.W. / Jeng, U.S. / Hsu, S.D. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年1月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hyn.cif.gz	89.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hyn.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hyn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hyn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hwiC 8hwjC 8hy8C 8hy9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CD-NTase-associated protein 12

B: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.265, 60.121, 118.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CD-NTase-associated protein 12 / NAD(+) hydrolase / TIR-STING 分子量: 18563.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Riemerella anatipestifer Yb2 (バクテリア) 遺伝子: KYF39_09390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F6THR5, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Imidazole/MES pH 6.5, 0.1 M carboxylic acids, 20% v/v Ethylene glycol, 10 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.089→30 Å / Num. obs: 22890 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 43.126
反射シェル	解像度: 2.089→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.301 / Num. unique obs: 2235

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.089→25.957 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 4.958 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2387	1140	5.003 %
R_work	0.1893	21648	-
all	0.192	-	-
obs	-	22788	97.643 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.135 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.533 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.398 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.089→25.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2553	0	26	360	2939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.648	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.583	5806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.362	24.46	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.729	15	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.275	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	2393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.056	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.928	3.172	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.919	3.17	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.29	4.745	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.289	4.748	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.573	3.589	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.572	3.59	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.644	5.197	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.642	5.198	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.2	38.343	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.063	37.739	2964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.089-2.143	0.262	75	0.241	1431	X-RAY DIFFRACTION	89.1124
2.143-2.201	0.255	80	0.215	1508	X-RAY DIFFRACTION	97.3636
2.201-2.265	0.279	78	0.253	1486	X-RAY DIFFRACTION	97.8111
2.265-2.334	0.277	76	0.213	1438	X-RAY DIFFRACTION	97.1135
2.334-2.41	0.305	75	0.203	1428	X-RAY DIFFRACTION	98.4283
2.41-2.494	0.24	72	0.194	1371	X-RAY DIFFRACTION	99.0391
2.494-2.588	0.28	69	0.197	1318	X-RAY DIFFRACTION	97.8138
2.588-2.693	0.256	66	0.185	1261	X-RAY DIFFRACTION	98.0783
2.693-2.811	0.242	66	0.177	1246	X-RAY DIFFRACTION	98.5725
2.811-2.947	0.25	63	0.182	1181	X-RAY DIFFRACTION	99.2817
2.947-3.105	0.23	59	0.194	1127	X-RAY DIFFRACTION	99.2469
3.105-3.291	0.25	56	0.195	1064	X-RAY DIFFRACTION	99.0274
3.291-3.515	0.248	54	0.192	1028	X-RAY DIFFRACTION	98.9936
3.515-3.793	0.171	50	0.173	949	X-RAY DIFFRACTION	98.9109
3.793-4.148	0.169	46	0.153	865	X-RAY DIFFRACTION	99.1295
4.148-4.626	0.211	42	0.147	819	X-RAY DIFFRACTION	99.5376
4.626-5.321	0.201	39	0.157	725	X-RAY DIFFRACTION	99.7389
5.321-6.466	0.363	32	0.262	602	X-RAY DIFFRACTION	97.6888
6.466-8.94	0.222	26	0.209	508	X-RAY DIFFRACTION	99.2565
8.94-25.957	0.282	16	0.168	292	X-RAY DIFFRACTION	91.3947

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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