PDB-8hy9: Bacterial STING from Riemerella anatipestifer in complex with 3'3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hy9

タイトル

Bacterial STING from Riemerella anatipestifer in complex with 3'3'-c-di-GMP

要素

CD-NTase-associated protein 12

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性

Chem-C2E / :

機能・相同性情報

生物種

Riemerella anatipestifer Yb2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.462 Å

データ登録者

Wang, Y.-C. / Yang, C.-S. / Hou, M.-H. / Chen, Y.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the regulation, ligand recognition, and oligomerization of bacterial STING.
著者: Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Yang, C.S. / Liao, K.F. / Chang, J.W. / Shih, O. / Yeh, Y.Q. / Sriramoju, M.K. / Weng, T.W. / Jeng, U.S. / Hsu, S.D. / Chen, Y.

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hy9.cif.gz	53.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hy9.ent.gz	34.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hy9_validation.pdf.gz	828.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hy9_full_validation.pdf.gz	830.6 KB	表示
XML形式データ	8hy9_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8hy9_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/8hy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hwiC 8hwjC 8hy8C 8hynC 7ebdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

A: CD-NTase-associated protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.510, 40.990, 36.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.041, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CD-NTase-associated protein 12 / NAD(+) hydrolase / TIR-STING 分子量: 18563.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: (1) The first four AA, SGGG, is a linker. (2) The fifth AA, PHE5, should be indexed as PHE158. Thank you very much! 由来: (組換発現) Riemerella anatipestifer Yb2 (バクテリア) 遺伝子: KYF39_09390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8F6THR5, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M calcium chloride dihydrate, 40 % v/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 07A / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→30 Å / Num. obs: 24248 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 30.227
反射シェル	解像度: 1.46→1.51 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / Num. unique obs: 2302 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EBD

7ebd

解像度: 1.462→22.805 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 1.272 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2095	1219	5.056 %
R_work	0.1813	22890	-
all	0.183	-	-
obs	-	24109	98.328 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.204 Å²	0 Å²	0.018 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.462→22.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1286	0	47	124	1457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.655	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.37	1.587	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.728	5	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.234	24.429	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.417	15	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.3	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.066	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.768	1.538	635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.76	1.537	634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.701	2.304	792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.703	2.306	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.954	1.882	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.958	1.884	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.475	2.679	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.473	2.678	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.786	19.429	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.736	19.219	1528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.462-1.5	0.285	70	0.31	1383	X-RAY DIFFRACTION	82.1833
1.5-1.541	0.318	78	0.241	1649	X-RAY DIFFRACTION	98.7986
1.541-1.585	0.224	97	0.208	1632	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
1.585-1.634	0.201	104	0.183	1544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.634-1.687	0.214	77	0.186	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.687-1.747	0.223	61	0.168	1480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.747-1.812	0.181	76	0.171	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.812-1.886	0.209	74	0.168	1369	X-RAY DIFFRACTION	99.8616
1.886-1.969	0.164	74	0.166	1295	X-RAY DIFFRACTION	99.927
1.969-2.065	0.18	79	0.162	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.176	0.181	69	0.161	1201	X-RAY DIFFRACTION	99.8428
2.176-2.308	0.186	68	0.155	1117	X-RAY DIFFRACTION	98.9975
2.308-2.466	0.178	48	0.161	1081	X-RAY DIFFRACTION	99.0351
2.466-2.662	0.177	38	0.176	969	X-RAY DIFFRACTION	97.862
2.662-2.914	0.208	48	0.182	931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-3.254	0.248	43	0.193	845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.254-3.75	0.221	34	0.178	752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-4.575	0.168	35	0.172	639	X-RAY DIFFRACTION	99.41
4.575-6.396	0.367	30	0.214	490	X-RAY DIFFRACTION	100
6.396-22.805	0.207	16	0.205	291	X-RAY DIFFRACTION	97.4603

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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