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- PDB-8hxr: Nanobody2 in complex with human BCMA ECD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hxr
タイトルNanobody2 in complex with human BCMA ECD
要素
  • Nanobody2
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte homeostasis / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / endomembrane system / signaling receptor activity / adaptive immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCMA, TALL-1 binding / Tumour necrosis factor receptor 17 / BCMA, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
類似検索 - 構成要素
生物種Vicugna pacos (アルパカ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sun, Y. / Zhang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)82230006 中国
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2023
タイトル: Antigen-induced chimeric antigen receptor multimerization amplifies on-tumor cytotoxicity.
著者: Sun, Y. / Yang, X.N. / Yang, S.S. / Lyu, Y.Z. / Zhang, B. / Liu, K.W. / Li, N. / Cui, J.C. / Huang, G.X. / Liu, C.L. / Xu, J. / Mi, J.Q. / Chen, Z. / Fan, X.H. / Chen, S.J. / Chen, S.
履歴
登録2023年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nanobody2
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
A: Nanobody2
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0724
ポリマ－39,0724
非ポリマー00
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.062, 80.062, 78.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nanobody2


分子量: 13632.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 / B-cell maturation protein


分子量: 5903.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02223
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 13801 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.973 / Net I/σ(I): 6.25
反射 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / Num. unique obs: 2206 / CC1/2: 0.623

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 684 -
Rwork0.24 --
obs-13778 99.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 29.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 0 77 2523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65633377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3241525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7002-2.90860.34691650.29562585X-RAY DIFFRACTION100
2.9086-3.20120.31041540.28972590X-RAY DIFFRACTION100
3.2012-3.66420.3273870.2312646X-RAY DIFFRACTION100
3.6642-4.61540.26041330.20532618X-RAY DIFFRACTION100
4.6154-40.03540.24621450.23242655X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.6414 Å / Origin y: 37.1357 Å / Origin z: 6.3464 Å
111213212223313233
T0.158 Å2-0.0074 Å2-0.0064 Å2-0.2176 Å20.0198 Å2--0.2014 Å2
L0.5412 °2-0.0185 °2-0.0602 °2-0.6179 °20.1154 °2--0.7403 °2
S0.0563 Å °0.0758 Å °0.0141 Å °-0.0342 Å °0.0257 Å °0.1225 Å °0.0116 Å °-0.0742 Å °-0.0777 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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