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- PDB-8hx6: Crystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate synthase from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hx6
タイトルCrystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate synthase from Streptomyces venezuelae
要素4-amino-4-deoxychorismate synthase
キーワードTRANSFERASE / Synthase / Multi-domain / Chorismate
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxychorismate synthase / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / para-aminobenzoic acid biosynthetic process / folic acid-containing compound biosynthetic process / glutamine metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminodeoxychorismate synthase, component I / Anthranilate synthase/para-aminobenzoate synthase like domain / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase ...Aminodeoxychorismate synthase, component I / Anthranilate synthase/para-aminobenzoate synthase like domain / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / SUCCINIC ACID / TRYPTOPHAN / aminodeoxychorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Nakamichi, Y. / Watanabe, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other government1091195 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the allosteric pathway of 4-amino-4-deoxychorismate synthase.
著者: Nakamichi, Y. / Kobayashi, J. / Toyoda, K. / Suda, M. / Hiraga, K. / Inui, M. / Watanabe, M.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-amino-4-deoxychorismate synthase
B: 4-amino-4-deoxychorismate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,1747
ポリマ－153,4892
非ポリマー6855
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area47240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.670, 171.405, 160.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-amino-4-deoxychorismate synthase / aminodeoxychorismate synthase


分子量: 76744.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: papA / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6L8Q5, aminodeoxychorismate synthase

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 51% (v/v) Tacsimate, 0.1 M Bis-tris propane (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→47.27 Å / Num. obs: 74670 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 52.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 18.99
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 7224 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.581 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSFeb 5, 2021データ削減
XDSFeb 5, 2021データスケーリング
MOLREP11.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qdl

1qdl


解像度: 2.14→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 25.22 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27161 3734 5 %RANDOM
Rwork0.22429 ---
obs0.22662 70936 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å2-0 Å20 Å2
2--5.66 Å20 Å2
3----4.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.14→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10107 0 48 51 10206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01310398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.6514124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0611.57722342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31951306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.8619.852609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.396151619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3615120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.21314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8274.5295251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8274.5295250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5066.7886548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5066.7886549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5784.6045147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5784.6035146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.086.8767577
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.69351.19810547
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.69251.19910547
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.143→2.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 266 -
Rwork0.386 5059 -
obs--97.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84060.8257-0.81311.6041-1.13372.4518-0.02820.10990.09630.0970.150.0827-0.2073-0.558-0.12170.05130.0661-0.01650.15260.00360.0353-29.601610.8739-29.6756
20.90210.2555-0.38041.6382-0.95011.580.01410.281-0.0452-0.31060.0347-0.02-0.0231-0.2306-0.04870.19540.10240.02680.1516-0.01010.0858-8.36429.1068-71.1467
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 801
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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