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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hx7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 4-amino-4-deoxychorismate synthase from Streptomyces venezuelae co-crystallized with L-glutamine | ||||||
要素 | 4-amino-4-deoxychorismate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Synthase / Multi-domain (タンパク質ドメイン) / Chorismate (コリスミ酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aminodeoxychorismate synthase / 4-amino-4-deoxychorismate synthase activity / folic acid-containing compound biosynthetic process / glutamine metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces venezuelae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamichi, Y. / Watanabe, M. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Structural basis for the allosteric pathway of 4-amino-4-deoxychorismate synthase. 著者: Nakamichi, Y. / Kobayashi, J. / Toyoda, K. / Suda, M. / Hiraga, K. / Inui, M. / Watanabe, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hx7.cif.gz | 524.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hx7.ent.gz | 432.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/8hx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/8hx7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 76744.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 遺伝子: papA / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6L8Q5, aminodeoxychorismate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 155分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 51% (v/v) Tacsimate, 0.1 M Bis-tris propane (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→49.31 Å / Num. obs: 98481 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 40.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 17.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 9639 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.797 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QDL 解像度: 1.95→47.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 13.801 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.309 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→47.11 Å
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拘束条件 |
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