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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hwo | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of mutant GDSL Esterase of Photobacterium sp. J15 | ||||||
![]() | GDSL-family esterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / GDSL esterase | ||||||
機能・相同性 | GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / extracellular region / GDSL-family esterase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rahman, N.N.A. / Leow, T.C. / Jonet, M.A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: X-ray crystallography of mutant GDSL esterase S12A of Photobacterium marinum J15. 著者: Rahman, N.N.A. / Sharif, F.M. / Kamarudin, N.H.A. / Ali, M.S.M. / Aris, S.N.A.M. / Jonet, M.A. / Rahman, R.N.Z.R.A. / Sabri, S. / Leow, T.C. #1: ![]() タイトル: Crystallization and structure elucidation of GDSL esterase of Photobacterium sp. J15 著者: Mazlan, S.N.H.S. / Ali, M.S.M. / Rahman, N.N.A. / Sabri, S. / Jonet, M.A. / Leow, T.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 401.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 404.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5xtuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35643.965 Da / 分子数: 1 / 変異: S12A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium acetate as salt, 30% (w/v) polyethylene glycol 4,000 as precipitant in 0.1 M sodium acetate trihydrate buffer at pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→40 Å / Num. obs: 25427 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→1.96 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 25427 / CC1/2: 1 / % possible all: 98.38 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5XTU 解像度: 1.96→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→40 Å
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