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万見
- PDB-8hw9: Solution structure of ubiquitin-like domain (UBL) of human ZFAND1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hw9
タイトルSolution structure of ubiquitin-like domain (UBL) of human ZFAND1
要素AN1-type zinc finger protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitin-like domain / UBL / human ZFAND1 / proteasome / stress granule / proteostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular protein transport / cellular response to arsenite ion / stress granule disassembly / proteasome binding / cytoplasmic stress granule / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
AN1-type zinc finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lai, C.H. / Ko, K.T. / Fan, P.J. / Yu, T.A. / Chang, C.F. / Hsu, S.T.D.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-001-050-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2811-M-001-583- 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-001-050-MY3 台湾
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural insight into the ZFAND1-p97 interaction involved in stress granule clearance.
著者: Lai, C.H. / Ko, K.T. / Fan, P.J. / Yu, T.A. / Chang, C.F. / Draczkowski, P. / Hsu, S.D.
履歴
登録2022年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.22024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AN1-type zinc finger protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6801
ポリマ－15,6801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 AN1-type zinc finger protein 1 / Zinc finger AN1-type-containing protein 1


分子量: 15679.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZFAND1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TCF1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D CBCA(CO)NH
171isotropic13D CCH-TOCSY
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D H(CCO)NH
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1121isotropic13D 13C/15N simultaneous NOESY
2151isotropic13D HN(CA)CB
2141isotropic13D CBCA(CO)NH
2131isotropic13D 13C/15N simultaneous NOESY
2161anisotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.4 mM [U-13C; U-15N] UBL prtoein, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 50 mM Tris-HCl , 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP / Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.4 mM / 構成要素: UBL prtoein / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態

イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 0.2 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 300 K

Conditions-ID詳細LabelpH
150 mM Tris-HCl (pH 7.1), 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEPcondiction_17.1
250 mM Tris-HCl (pH 6.5), 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEPcondiction_26.5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Peter Guntertstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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