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万見
- PDB-8hrh: SN-131/1B2 anti-MUC1 antibody with a glycopeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hrh
タイトルSN-131/1B2 anti-MUC1 antibody with a glycopeptide
要素
  • Heavy chain of SN-131/1B2 antibody Fab
  • Light chain of SN-131/1B2 antibody Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性ALANINE / ARGININE / ASPARTIC ACID / L-PROLINAMIDE / 1-ACETYL-L-PROLINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PROLINE / THREONINE
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Wakui, H. / Horidome, C. / Yao, M. / Ose, T. / Nishimura, S.-I.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00918 日本
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and molecular insight into antibody recognition of dynamic neoepitopes in membrane tethered MUC1 of pancreatic cancer cells and secreted exosomes.
著者: Wakui, H. / Yokoi, Y. / Horidome, C. / Ose, T. / Yao, M. / Tanaka, Y. / Hinou, H. / Nishimura, S.I.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of SN-131/1B2 antibody Fab
B: Light chain of SN-131/1B2 antibody Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,75920
ポリマ－78,1322
非ポリマー2,62718
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.590, 84.590, 271.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Heavy chain of SN-131/1B2 antibody Fab


分子量: 51471.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Light chain of SN-131/1B2 antibody Fab


分子量: 26661.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAca1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 11種, 230分子

#4: 化合物 ChemComp-N7P / 1-ACETYL-L-PROLINE / N-ACETYLPROLINE / N-アセチル-L-プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 157.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#12: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-LPD / L-PROLINAMIDE / L-プロリンアミド


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 114.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 40% (w/v) PEG300, 5% (w/v) PEG1000, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→49.766 Å / Num. obs: 36078 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / 冗長度: 20.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / Num. unique obs: 5649 / CC1/2: 0.956 / Rrim(I) all: 0.758 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KX1

6kx1


解像度: 2.07→49.766 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1803 5 %Random selection
Rwork0.1923 ---
obs-36063 99.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→49.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 170 213 3711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87924833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.38342088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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