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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hrd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant in complex with IMCAS74 Fab and W14 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, R.C. / Wu, L.L. / Han, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Defining a de novo non-RBM antibody as RBD-8 and its synergistic rescue of immune-evaded antibodies to neutralize Omicron SARS-CoV-2. 著者: Rao, X. / Zhao, R. / Tong, Z. / Guo, S. / Peng, W. / Liu, K. / Li, S. / Wu, L. / Tong, J. / Chai, Y. / Han, P. / Wang, F. / Jia, P. / Li, Z. / Zhao, X. / Li, D. / Zhang, R. / Zhang, X. / Zou, ...著者: Rao, X. / Zhao, R. / Tong, Z. / Guo, S. / Peng, W. / Liu, K. / Li, S. / Wu, L. / Tong, J. / Chai, Y. / Han, P. / Wang, F. / Jia, P. / Li, Z. / Zhao, X. / Li, D. / Zhang, R. / Zhang, X. / Zou, W. / Li, W. / Wang, Q. / Gao, G.F. / Wu, Y. / Dai, L. / Gao, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hrd.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hrd.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hrd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hrd_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hrd_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hrd_validation.xml.gz | 139.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hrd_validation.cif.gz | 191.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/8hrd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y3nC 7y3oC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 4種, 16分子 OCLWPEMXDGNYFHQZ
#2: 抗体 | 分子量: 25335.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 22698.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 25102.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 23441.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 109分子 ABKT
#1: タンパク質 | 分子量: 25194.447 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #6: 糖 | ChemComp-NAG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.54 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium formate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.86→112.47 Å / Num. obs: 134730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 59.11 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.86→3.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.822 / Num. unique obs: 19639 / CC1/2: 0.792 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→63.06 Å / SU ML: 0.3857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4286 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.86→63.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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