PDB-8hq9: Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Esc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hq9

タイトル

Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Escherichia coli (Form II)

要素

Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Asymmetric protomer movement / Central channel / Gram-negative bacteria / Mla system / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / phospholipid binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Dutta, A. / Kanaujia, S.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Protein J. / 年: 2024
タイトル: The Structural Features of MlaD Illuminate its Unique Ligand-Transporting Mechanism and Ancestry.
著者: Dutta, A. / Kanaujia, S.P.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hq9.cif.gz	261.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hq9.ent.gz	210.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hq9_validation.pdf.gz	491.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hq9_full_validation.pdf.gz	502.4 KB	表示
XML形式データ	8hq9_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	8hq9_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/8hq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/8hq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hpzC 8hqaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

B: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

C: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

D: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

E: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

F: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

ヘテロ分子

105 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

D: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

F: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

ヘテロ分子

B: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

C: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

E: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.420, 106.950, 117.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-215- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6
7	7
8	8
9	9
10	10
11	11
12	12
13	13
14	14
15	15

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD 分子量: 17462.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mlaD, yrbD, b3193, JW3160 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P64604
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE 分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.89 % / 解説: Orthorhombic
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihyrate pH 5.0, 10% (w/v) PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年1月7日 / 詳細: VariMax HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→79.1 Å / Num. obs: 21557 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 190212
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.612 / Num. measured all: 24884 / Num. unique obs: 2805 / CC_1/2: 0.943 / R_pim(I) all: 0.216 / R_rim(I) all: 0.65 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000	3000	データ収集
MOSFLM	7.4.0	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0352	精密化
Coot	0.9.8.5	モデル構築
PDB_EXTRACT	4	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→78.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / SU B: 25.664 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.063 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26108	1037	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20415	-	-	-
obs	0.20686	20487	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.567 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.88 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→78.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4824	0	4	173	5001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.654	6733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.579	10937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.584	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.386	22.851	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.152	15	822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.096	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.998	2.605	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.999	2.605	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.498	3.891	3167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.498	3.891	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.174	2.86	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.173	2.859	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.737	4.166	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.135	29.157	4864
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.106	29.085	4840
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3006	0.08
1	2	B	3006	0.08
2	1	A	2961	0.09
2	2	C	2961	0.09
3	1	A	2980	0.09
3	2	D	2980	0.09
4	1	A	2944	0.08
4	2	E	2944	0.08
5	1	A	2970	0.09
5	2	F	2970	0.09
6	1	B	2995	0.09
6	2	C	2995	0.09
7	1	B	3014	0.09
7	2	D	3014	0.09
8	1	B	2971	0.08
8	2	E	2971	0.08
9	1	B	2993	0.08
9	2	F	2993	0.08
10	1	C	3080	0.06
10	2	D	3080	0.06
11	1	C	3088	0.07
11	2	E	3088	0.07
12	1	C	3006	0.06
12	2	F	3006	0.06
13	1	D	3010	0.07
13	2	E	3010	0.07
14	1	D	3007	0.08
14	2	F	3007	0.08
15	1	E	3059	0.06
15	2	F	3059	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	81	-
R_work	0.269	1480	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6035	0.7245	0.7007	4.7856	-0.8138	1.9001	-0.1011	0.0152	0.0038	-0.2502	0.0417	0.2299	-0.1537	-0.1776	0.0594	0.0854	0.0231	-0.0611	0.0245	-0.0176	0.0524	17.6669	-36.2088	-26.7669
2	1.8654	0.9036	-0.1542	6.0871	0.9484	1.1889	-0.1069	0.0113	0.078	-0.1654	0.0324	-0.1902	0.0865	0.1225	0.0745	0.0927	0.0205	0.0533	0.0168	0.0211	0.0524	39.7716	-17.2757	-28.1329
3	2.2903	0.5296	-1.0576	3.8887	-1.0297	2.3655	0.0183	-0.0025	0.207	0.0505	0.0562	-0.0367	-0.1325	-0.0253	-0.0745	0.0969	-0.0033	0.0283	0.0083	-0.009	0.0343	39.2742	-45.416	-22.7234
4	1.6793	-0.5081	0.6232	5.6556	0.6602	1.2849	0.0285	0.0837	-0.1621	-0.0017	-0.0144	0.0468	0.0425	-0.0008	-0.0141	0.1	0.0159	-0.0648	0.0249	-0.0077	0.0676	18.3877	-7.4642	-21.8835
5	1.0581	0.8771	1.2673	3.179	0.0536	6.5094	-0.1622	-0.1102	0.0686	-0.2332	0.1077	-0.31	-0.2709	0.1951	0.0545	0.1176	-0.0332	-0.0113	0.0757	-0.0452	0.0708	40.5621	1.4591	-5.4303
6	1.6422	1.3455	-0.7473	1.5774	0.6993	6.2798	-0.1032	-0.1084	0.0433	-0.099	0.0738	0.2023	0.109	0.0497	0.0293	0.1661	0.0017	-0.0313	0.1828	0.0929	0.1725	19.1439	-55.5508	-4.8124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	37 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	37 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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