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- PDB-8hpz: Crystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Esc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpz
タイトルCrystal structure of the MlaD domain of the MlaD protein from Escherichia coli (Form I)
要素Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Asymmetric protomer movement / Central channel / Gram-negative bacteria / Mla system / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / phospholipid binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / : / Mce/MlaD / MlaD protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON DIOXIDE / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dutta, A. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)ECR/2018/000013 インド
引用ジャーナル: Protein J. / 年: 2024
タイトル: The Structural Features of MlaD Illuminate its Unique Ligand-Transporting Mechanism and Ancestry.
著者: Dutta, A. / Kanaujia, S.P.
履歴
登録2022年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
B: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
C: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4935
ポリマ－52,3873
非ポリマー1062
水1,45981
1
A: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
B: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
ヘテロ分子

A: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
B: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD
ヘテロ分子

C: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD

C: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,98610
ポリマ－104,7746
非ポリマー2124
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area33550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.280, 107.290, 117.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD


分子量: 17462.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mlaD, yrbD, b3193, JW3160 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P64604
#2: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.41 % / 解説: Orthorhombic
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年1月4日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→79.36 Å / Num. obs: 17387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 137255
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Num. measured all: 13294 / Num. unique obs: 1678 / CC1/2: 0.936 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.636 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I) obs: 3.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
MOSFLM7.4.0データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
Coot0.9.8.5モデル構築
PDB_EXTRACT4データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→79.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 17.579 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 859 4.9 %RANDOM
Rwork0.22505 ---
obs0.22746 16498 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.78 Å20 Å2-0 Å2
2---2.94 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→79.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 7 81 2488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.6563324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2891.5795423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7735312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96522.632114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.62315408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.4391515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6593.3331257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6413.3311256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3984.9791566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3984.9831567
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8263.6641187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8253.6671188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6165.3231759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.23438.4082426
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.23238.4212424
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A28990.13
12B28990.13
21A29320.11
22C29320.11
31B28470.13
32C28470.13
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 69 -
Rwork0.276 1198 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2721-0.73380.57923.01420.62156.5616-0.14690.20830.0910.19930.1550.419-0.1952-0.148-0.00810.03920.02050.010.14470.03360.154419.263528.7655.3037
21.4909-0.378-0.76634.9903-1.56172.63470.01110.0024-0.06660.62840.03090.52650.0442-0.0563-0.0420.1797-0.00920.13660.0021-0.00490.17818.98229.472727.382
30.7173-0.37970.99856.6301-1.15761.63310.02210.0333-0.16230.34170.01-0.0901-0.07840.0253-0.03210.0844-0.0002-0.0920.096-0.0250.213440.64419.428122.5317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2B37 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3C37 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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