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- PDB-8hpw: Crystal structure of mouse LGI1 LRR domain in space group P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hpw
タイトルCrystal structure of mouse LGI1 LRR domain in space group P21
要素Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Synaptic modulator / LRR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


LGI-ADAM interactions / axon initial segment / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / neuron projection development / positive regulation of cell growth / signaling receptor binding / glutamatergic synapse ...LGI-ADAM interactions / axon initial segment / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / neuron projection development / positive regulation of cell growth / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / dendrite / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / EPTP domain / EAR repeat profile. / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Liu, H. / Xu, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31270767 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse LGI1 LRR domain in space group P21
著者: Liu, H. / Xu, F.
履歴
登録2022年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
B: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
C: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4486
ポリマ－68,7843
非ポリマー6643
水2,234124
1
A: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1492
ポリマ－22,9281
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1492
ポリマ－22,9281
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1492
ポリマ－22,9281
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.158, 101.694, 65.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1


分子量: 22928.094 Da / 分子数: 3 / 断片: LRR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lgi1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9JIA1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 18% PEG 3000, 0.1M potassium/sodium phosphate pH=6.2, 0.2M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 28150 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.383
反射 シェル解像度: 2.39→2.43 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.271 / Num. unique obs: 1416 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W8A

1w8a


解像度: 2.39→40.24 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1388 4.98 %
Rwork0.22 --
obs0.221 27856 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→40.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4281 0 42 124 4447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8416075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1091684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.47210.37051490.32412590X-RAY DIFFRACTION96
2.4721-2.57110.37371350.30242606X-RAY DIFFRACTION98
2.5711-2.68810.31311230.29372667X-RAY DIFFRACTION98
2.6881-2.82980.31791280.28952648X-RAY DIFFRACTION98
2.8298-3.0070.32651260.29332690X-RAY DIFFRACTION99
3.007-3.23910.26591660.27072615X-RAY DIFFRACTION99
3.2391-3.56490.26111290.2382694X-RAY DIFFRACTION99
3.5649-4.08030.2021680.19932655X-RAY DIFFRACTION99
4.0803-5.1390.20821430.17462705X-RAY DIFFRACTION100
5.139-40.240.22821210.18742598X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.93670.3435-1.97918.30231.46259.2938-0.160.10390.0175-0.34570.1036-1.0456-0.04131.82940.02040.6511-0.07770.01021.1526-0.01390.634376.1857-12.9685142.6507
25.026-1.6464-1.29151.79550.44116.1610.04790.28910.3903-0.21650.0317-0.2087-0.14850.4692-0.07750.5602-0.1252-0.02090.56620.03610.38360.7765-9.7542142.8188
32.9058-2.8261-1.16784.2711-0.89853.21730.1263-0.2365-0.2813-0.07560.01490.639-0.0045-0.4662-0.11550.6015-0.161-0.02890.79980.05870.626245.6784-9.8414147.6976
48.2908-4.10232.74167.1895-2.66694.572-0.5804-1.140.08050.59180.73240.441-0.6422-2.0495-0.20450.74420.02620.16161.38240.04870.554640.1273-4.0453154.9053
55.1119-0.7196-0.98435.5385-1.1724.08870.01360.0340.1323-0.4475-0.0718-0.0397-0.954-0.07230.05920.7124-0.0962-0.01830.84040.04570.373160.7629-14.122118.5524
61.87771.01130.6447.85510.47743.61740.03150.0905-0.33170.83880.1446-0.0590.67890.172-0.15790.8174-0.0395-0.01340.7977-0.05660.476565.5165-34.7833126.6711
76.02521.41823.42687.5812.10472.23340.41280.4922-1.2846-1.665-0.23681.33331.091-0.3601-0.08681.1155-0.0348-0.07091.0547-0.06010.639164.6897-25.4855100.1097
82.22291.8527-0.45939.5916-0.01028.3-0.06780.7513-0.7169-0.4582-0.385-0.55242.2712-0.25540.33060.8157-0.00660.00720.750.03180.502468.4828-22.336294.8989
94.05910.69960.23454.3099-0.10276.8097-0.10960.1247-0.0772-0.06440.0021-0.33750.03761.46630.12330.65240.05090.02710.99930.02090.435676.6571-13.632799.3954
103.40190.2316-1.30546.0458-1.20528.06420.0437-0.9324-0.0704-0.0326-0.229-0.2426-0.65531.92580.17860.7969-0.34530.03471.3312-0.07450.539482.255-5.0983105.6141
112.63250.59640.87285.8341-1.48392.50540.5914-0.9890.11320.6179-0.2889-0.7722-1.60532.4198-0.1751.2909-0.56130.00092.1131-0.08720.756789.296-1.1398109.1508
129.17610.67660.82423.95730.42064.07070.5435-0.95510.91550.50370.3131-1.0303-1.7892.1771-0.77081.5353-0.65580.00092.4174-0.33750.994891.65950.3539115.4162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 71 THROUGH 155 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 156 THROUGH 190 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 221 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 41 THROUGH 90 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 91 THROUGH 221 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'C' AND (RESID 41 THROUGH 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 57 THROUGH 70 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 71 THROUGH 145 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 146 THROUGH 169 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 170 THROUGH 190 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 191 THROUGH 221 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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