PDB-8hp0: Crystal structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Prev...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8hp0

タイトル

Crystal structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Prevotella timonensis

要素

Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / asymmetric unit / C221 / fold

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Prevotella timonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Tan, Y. / Song, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2023
タイトル: Rational Design of Meso -Diaminopimelate Dehydrogenase with Enhanced Reductive Amination Activity for Efficient Production of d- p -Hydroxyphenylglycine.
著者: Tan, Y. / Gao, C. / Song, W. / Wei, W. / Liu, J. / Gao, C. / Guo, L. / Chen, X. / Liu, L. / Wu, J.

履歴

登録	2022年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8hp0.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8hp0.ent.gz	145.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8hp0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8hp0_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8hp0_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8hp0_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	8hp0_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hp0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hp3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

99.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.750, 190.470, 101.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase / DAPDH / Meso-DAP dehydrogenase 分子量: 32584.482 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prevotella timonensis (バクテリア) 遺伝子: BFS16_11360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K0XCZ3, diaminopimelate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, and 0.1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月28日 / 詳細: multilayer
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→44.87 Å / Num. obs: 35517 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.47→2.57 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Num. unique obs: 3948 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.47→44.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 11.393 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.638 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26561	1818	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22414	-	-	-
obs	0.22624	33818	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.18 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.47→44.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6804	0	85	162	7051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.271	1.636	9513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.118	1.578	15708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.188	5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.663	22.809	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.634	15	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.929	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.971	4.335	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.971	4.335	3580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.199	6.498	4473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.199	6.498	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.009	4.592	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.992	4.566	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.383	6.743	4989
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.292	50.321	7178
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.244	50.316	7159
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	9073
1	2	B	9073
2	1	A	9035
2	2	C	9035
3	1	B	9030
3	2	C	9030

LS精密化シェル

解像度: 2.47→2.53 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	148	-
R_work	0.346	2421	-
obs	-	-	99.23 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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