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- PDB-8hok: crystal structure of UGT71AP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hok
タイトルcrystal structure of UGT71AP2
要素UGT71AP2
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
生物種Scutellaria baicalensis (コガネバナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wang, Z.L. / He, C. / Li, F. / Qiao, X. / Ye, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2024
タイトル: Functional characterization, structural basis, and protein engineering of a rare flavonoid 2'- O -glycosyltransferase from Scutellaria baicalensis .
著者: Wang, Z. / Du, X. / Ye, G. / Wang, H. / Liu, Y. / Liu, C. / Li, F. / Agren, H. / Zhou, Y. / Li, J. / He, C. / Guo, D.A. / Ye, M.
履歴
登録2022年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UGT71AP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9954
ポリマ－51,6161
非ポリマー3793
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.470, 95.170, 133.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

HOH

21A-817-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UGT71AP2


分子量: 51616.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scutellaria baicalensis (コガネバナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 MMES pH6.0, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→77.426 Å / Num. obs: 26741 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.113 / Net I/av σ(I): 5.6 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 178458
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.2770.5041.52702338690.2030.5440.504499.9
2.27-2.46.50.3612.12366636380.1520.3930.3615.299.9
2.4-2.576.10.272.82104134320.1170.2950.276.499.2
2.57-2.7870.2043.62248831980.0820.220.2049100
2.78-3.046.90.1375.32045629600.0550.1480.13712100
3.04-3.46.30.0947.61686426860.040.1020.09414.899.5
3.4-3.937.30.0699.41743124000.0270.0740.06920.6100
3.93-4.816.40.05910.21288620260.0250.0640.05922.499.5
4.81-6.86.90.0689.11101315980.0270.0730.06823.399.9
6.8-77.42660.0568.755909340.0240.0610.05623.499.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACW

2acw


解像度: 2.15→66.31 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 1324 4.95 %
Rwork0.1625 25403 -
obs0.165 26727 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.39 Å2 / Biso mean: 30.3833 Å2 / Biso min: 6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→66.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 24 228 3859
Biso mean--37.6 34.49 -
残基数----462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.240.24791400.180927892929100
2.24-2.340.23421440.174527902934100
2.34-2.460.26051510.16782776292799
2.46-2.620.24711290.16852798292799
2.62-2.820.22911500.163728212971100
2.82-3.10.19261490.157628022951100
3.1-3.550.20931670.160428012968100
3.55-4.470.1921550.139928543009100
4.47-66.310.20551390.17622972311199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9893-0.4508-0.11670.4044-0.13630.2046-0.1115-0.5807-0.08130.13220.18640.0615-0.1570.02890.04790.17120.00510.02920.22790.03910.1815-18.34140.3609-17.3699
20.3088-0.1395-0.30380.5562-0.1820.7818-0.0585-0.8492-0.17420.33280.0879-0.0088-0.0560.0867-0.00180.2424-0.00080.0420.46440.06240.2086-20.68442.3988-9.4483
30.58560.46520.21040.7922-0.31860.6007-0.2014-0.24850.08610.09990.21780.375-0.0582-0.23540.01020.23360.02420.03160.194-0.00930.1948-27.08038.8524-22.7296
40.82490.02520.32560.4454-0.38860.9669-0.090.0096-0.0068-0.10470.12250.1336-0.1272-0.17010.00060.19450.01550.00960.17440.02830.1719-30.6751-12.1458-39.5832
50.56310.7406-0.22640.9456-0.07650.29960.0646-0.12270.01220.2143-0.2058-0.1697-0.35710.1984-0.09550.1619-0.00990.04070.13290.01040.1306-15.525-13.45-22.2514
60.48190.0562-0.48720.2119-0.48281.8690.0915-0.00470.13510.0217-0.03460.02630.0284-0.25260.00060.1299-0.01530.00040.16160.01010.1671-32.7368-32.3461-13.1156
70.3013-0.13-0.06920.1931-0.02620.8690.1449-0.1686-0.0520.2313-0.0903-0.02130.053-0.16490.0010.2073-0.03510.01390.19490.01330.1524-33.4679-33.2646-7.3048
80.4890.1566-0.13940.09730.14290.49240.0502-0.03090.0402-0.0377-0.0653-0.0998-0.01970.1045-0.00010.11860.01220.01810.10640.0310.137-22.2603-24.1921-23.7463
90.54970.4988-0.23481.5114-0.32060.68330.0252-0.0592-0.0495-0.0571-0.1032-0.08650.05280.0997-0.02130.08470.02090.01970.1320.00830.1075-18.81-20.8939-24.5485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 30 )A2 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 65 )A31 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 131 )A66 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 199 )A132 - 199
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 200 through 255 )A200 - 255
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 256 through 304 )A256 - 304
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 305 through 338 )A305 - 338
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 339 through 391 )A339 - 391
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 392 through 463 )A392 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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