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- PDB-8hoj: Crystal structure of UGT71AP2 in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hoj
タイトルCrystal structure of UGT71AP2 in complex with UDP
要素UGT71AP2
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase
機能・相同性URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Scutellaria baicalensis (コガネバナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, Z.L. / He, C. / Li, F. / Qiao, X. / Ye, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2024
タイトル: Functional characterization, structural basis, and protein engineering of a rare flavonoid 2'- O -glycosyltransferase from Scutellaria baicalensis .
著者: Wang, Z. / Du, X. / Ye, G. / Wang, H. / Liu, Y. / Liu, C. / Li, F. / Agren, H. / Zhou, Y. / Li, J. / He, C. / Guo, D.A. / Ye, M.
履歴
登録2022年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UGT71AP2
B: UGT71AP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0404
ポリマ－103,2322
非ポリマー8082
水00
1
A: UGT71AP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0202
ポリマ－51,6161
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
2
B: UGT71AP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0202
ポリマ－51,6161
非ポリマー4041
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.728, 108.544, 84.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 UGT71AP2


分子量: 51616.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scutellaria baicalensis (コガネバナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 21963 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 50.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 100532
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.954.70.79110670.8220.410.8950.93799.8
2.95-34.70.76510970.7630.3960.8660.96999.9
3-3.064.60.6510730.7850.340.7370.97399.9
3.06-3.124.50.55110700.8190.2940.6280.92999.8
3.12-3.194.30.44810820.850.2460.5140.94199.6
3.19-3.274.50.40810930.8920.2170.4650.93599.7
3.27-3.354.40.36810680.9170.1970.4190.90699.9
3.35-3.444.90.34310840.8960.1730.3861.00199.9
3.44-3.544.90.25910970.9540.1310.2911.018100
3.54-3.654.90.20210770.9710.1020.2271.00299.9
3.65-3.784.80.17210850.9850.0870.1931.034100
3.78-3.944.80.13910990.9840.070.1561.01899.7
3.94-4.114.70.11610960.990.0590.131.041100
4.11-4.334.60.09111000.990.0470.1030.99599.8
4.33-4.64.20.07710900.9920.0410.0880.98399.5
4.6-4.964.30.0711020.9940.0370.0790.99598.5
4.96-5.454.70.07311080.9950.0370.0830.95100
5.45-6.244.70.07411240.9940.0370.0830.89299.9
6.24-7.854.50.05911430.9960.0310.0670.84199.8
7.85-4040.03912080.9970.0210.0450.86499.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ACW

2acw


解像度: 2.9→27.46 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2844 969 4.98 %
Rwork0.2256 18502 -
obs0.2287 19471 88.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.27 Å2 / Biso mean: 54.4715 Å2 / Biso min: 9.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6847 0 50 0 6897
Biso mean--63.44 --
残基数----884
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.050.3297800.26361606168655
3.05-3.240.31731070.27872191229875
3.24-3.490.32431620.27412730289293
3.49-3.840.33341650.24472917308299
3.84-4.40.26711570.217629573114100
4.4-5.530.26081300.20613000313099
5.53-27.460.2491680.19443101326999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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