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- PDB-8hns: Crystal structure of an anti-CRISPR protein AcrIIC4 in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hns
タイトルCrystal structure of an anti-CRISPR protein AcrIIC4 in apo form
要素anti-CRISPR protein AcrIIC4
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / anti-CRISPR protein / cleavage inhibition / dimer
生物種Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Sun, W. / Cheng, Z. / Yang, J. / Wang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: AcrIIC4 inhibits type II-C Cas9 by preventing R-loop formation.
著者: Wei Sun / Zhi Cheng / Jiuyu Wang / Jing Yang / Xueyan Li / Jinlong Wang / Minxuan Chen / Xiaoqi Yang / Gang Sheng / Jizhong Lou / Yanli Wang /
要旨: Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages and other mobile genetic elements and inhibit host CRISPR-Cas immunity using versatile strategies. AcrIIC4 is a broad-spectrum Acr that inhibits the ...Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages and other mobile genetic elements and inhibit host CRISPR-Cas immunity using versatile strategies. AcrIIC4 is a broad-spectrum Acr that inhibits the type II-C CRISPR-Cas9 system in several species by an unknown mechanism. Here, we determined a series of structures of Cas9 (HpaCas9)-sgRNA in complex with AcrIIC4 and/or target DNA, as well as the crystal structure of AcrIIC4 alone. We found that AcrIIC4 resides in the crevice between the REC1 and REC2 domains of HpaCas9, where its extensive interactions restrict the mobility of the REC2 domain and prevent the unwinding of target double-stranded (ds) DNA at the PAM-distal end. Therefore, the full-length guide RNA:target DNA heteroduplex fails to form in the presence of AcrIIC4, preventing Cas9 nuclease activation. Altogether, our structural and biochemical studies illuminate a unique Acr mechanism that allows DNA binding to the Cas9 effector complex but blocks its cleavage by preventing R-loop formation, a key step supporting DNA cleavage by Cas9.
#1: ジャーナル: mBio / 年: 2018
タイトル: Potent Cas9 Inhibition in Bacterial and Human Cells by AcrIIC4 and AcrIIC5 Anti-CRISPR Proteins.
著者: Lee, J. / Mir, A. / Edraki, A. / Garcia, B. / Amrani, N. / Lou, H.E. / Gainetdinov, I. / Pawluk, A. / Ibraheim, R. / Gao, X.D. / Liu, P. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Sontheimer, E.J.
履歴
登録2022年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-CRISPR protein AcrIIC4
B: anti-CRISPR protein AcrIIC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3294
ポリマ－20,1452
非ポリマー1842
水43224
1
A: anti-CRISPR protein AcrIIC4
ヘテロ分子

A: anti-CRISPR protein AcrIIC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3294
ポリマ－20,1452
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
2
B: anti-CRISPR protein AcrIIC4
ヘテロ分子

B: anti-CRISPR protein AcrIIC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3294
ポリマ－20,1452
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.179, 83.179, 27.814
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 anti-CRISPR protein AcrIIC4


分子量: 10072.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: WP_049372635.1;The first residue 'Ser' of the sample sequence is the one expressed from the vector left after tag cleavage.
由来: (組換発現) Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌)
遺伝子: acrIIC4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: tris, sodium chloride, sodium acetate, PEG 3350, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 6556 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 32.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 328 / CC1/2: 0.796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model ( the crystal structure of a SeMet-derivative of this protein using SAD)

解像度: 2.54→37.2 Å / SU ML: 0.2404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 22.6182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 296 4.7 %
Rwork0.2208 6006 -
obs0.2218 6302 95.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→37.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1398 0 12 24 1434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02071430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41831910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1079208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.8242540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-3.20.28011560.28162820X-RAY DIFFRACTION92.05
3.2-37.20.22321400.19543186X-RAY DIFFRACTION99.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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