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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hmt | ||||||
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タイトル | The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 | ||||||
![]() | Activated CDC42 kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / inhibitor / complex / ack1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / WW domain binding / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / WW domain binding / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / phosphorylation / adherens junction / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / endosome / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, S. / Xiaoyun, X.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The complex of ACK1 with the inhibitor 2-142 著者: Zhu, S. / Xiaoyun, X.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31225.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-LWX / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Bis-Tris ph 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.17→110.68 Å / Num. obs: 23600 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 3.17→10.03 Å / Num. unique obs: 3695 / Rpim(I) all: 0.443 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.17→51.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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